1、管理机制不同
县是一种区域性行政区划，是为了管理一定数量的乡村型聚落而设。
县级市是城市型区划，是以城市为核心而设立的。
自治县是在国家统一领导下，各少数民族聚居的地方实行县级区域自治，设立自治机关，行使自治权的县。
2、出现的顺序不同
县出现的最早，当某一个区域的面积、人口达到一定规模，就会设设立一个县来管理这个区域内的集镇、村落。
县级市是当一个县内的某一个镇发展到一定规模，建成区面积和人口已经符合一个城市的标准时，就会从县内切割出来设立城市。
自治县是由1952年8月中央人民政府委员会批准了通过的《民族区域自治实施纲要》设立自治县。
3、行政级别上不同
自治县，属于一级地方民族自治政权，行政地位与普通的县相同。
县级市属于市，行政地位不如城市，是县的上一级单位。
县是中国行政区划之一，行政级别在省和市之下，属三级地方行政区。
参考资料:自治县_百度百科
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