这个问题有多种情况，1是领导自己有亲有疏形成，有喜有厌，自己不能保证公平造成的。2是员工地域文化不同造成的。3是成员观念不同造成的。4因为利益结合相互支援造成的。小团体不能消灭，只能疏导其在大团体利益下活动，以不违背大团体利益为重，在任何时间注意权衡自己不被小团体左右，如一个新员工入职，可能由于地域文化原因各个团体有不同看法，以员工实际水品用人，不要被团体蒙蔽，时间久了，当小团体不能由于结合产生利益，其结构将会松散下来，这样每个人才有更好的选择为大团体服务。
对于小团体为自己利益和大目标作对的，可以旁敲侧击，发布两个有冲突的任务个一个小团体的两个人，分化小团体结构。时间久了内部矛盾会瓦解小团体凝聚力。
人事调动，分化小团体利益，让小团体不能相护。
成立新机构，用新人，搞竞争机制，只要为大团体服务，不管小团体如何运作。