根据断裂构造特征，将凹陷从北至南划分为六个二级构造单元，即虎勒次凹、巴润断鼻带、额很次凹、毛敦侵入带、海力素断背斜带和五华单斜带。这些二级构造单元在平面上构成凹凸相间的格局（图2-5）。
额很次凹、虎勒次凹为凹陷的主要深凹区。额很次凹位于凹陷中西部，为一走向NE—NW向的长轴箕状凹陷，面积400 km2，最大埋深6000 m。虎勒次凹位于查干凹陷的北端，为一向西南开口的箕状凹陷，面积240 km2，最大埋深3800 m。
毛敦侵入带、海力素断背斜带、巴润断鼻带是各种圈闭发育的构造带。毛敦侵入构造带由侵入体及围岩周边地层上拱部分组成。走向 NE，成条带状分布，面积 300 km2。是地层岩性-构造复合圈闭的主要发育带。海力素断背斜带位于查干凹陷的西南端，是喜马拉雅期逆冲断块形成的断背斜构造发育带，面积 110 km2。巴润断鼻带是一个 NE 向的断阶构造带，燕山期正断层发育，形成复杂的断块、断鼻构造带，面积250 km2 ，最浅埋深1800 m。
图2-5 查干凹陷构造单元划分图