公积金贷款首套房和二套房的区别还是比较大的，毕竟首套房和二套房在购买的时候区别就比较大，并不是所有的人都有购买二套房的资格，更何况是使用公积金贷款来购买，正常情况之下，如果前一套房屋的公积金贷款没有还清的话，是没有资格购买第2套住房的，在将一套还清之后，再次购买第2套住房是可以使用住房公积金，但是首付比例会有所上升。
首套房二套房在购买的时候贷款利率是不同的，在这一点上无论是公积金贷款还是商业贷款都是不太一样，会比第1次贷款的利率要上调10%左右，与此同时，二者之间的贷款额度也不太相同，往往二套房的贷款额度都会比首套房的贷款额度要低一些，在审核个人资料的时候要更加严格，这是为了平衡市场所作出的一些应对。
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