主要区别有，科目分类不同、形态特征不同、木材特性不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、海棠木
别称冰糖果、红厚壳木、小红木。藤黄科、海棠木属、海棠木种。
2、金丝檀木
学名小鞋豆木。苏木科、小鞋木豆属、小鞋木豆种。
二、形态特征不同
1、海棠木
树皮很厚，有时达4cm，不易剥离。外皮较硬，较厚，灰白色至灰褐色，具纵裂沟，较深较宽，易薄片状剥落。内皮红棕色，韧皮纤维发达，石细胞发达，层状排列。心边材区别明显。心材呈玫瑰红色至红褐色，具有褐色细条纹。部分截面呈现美丽的鸡翅纹，边材浅黄或浅灰褐色，窄。生长轮略可见。散孔材，管孔肉眼下明显，单管孔，呈斜列或径列，含深色树胶。
2、金丝檀木
树皮呈灰色，树皮开裂，条纹脱落，内皮赤褐色，木材呈淡桃褐色、淡黄褐色，有金属光泽，具间隔窄，有规则性的深褐色条纹，气干比重值A.D.0.80－0.90；交错木理，其具有加工性良好，木种材性具有光泽，纹理直，结构细而均，木质坚硬，强度高，容易加工，刨面光滑，油漆，胶黏，握钉加工性能好。耐腐，干燥略慢，缺陷少。
三、木材特性不同
1、海棠木
①、海棠木干燥性能良好，不易开裂和翘曲，是制作实木家具的良好木材。
②、管孔肉眼下明显，略少，单管孔，呈斜列或径列，轴向薄壁组织放大镜下明显，木射线放大镜下略见。
③、光泽性强，纹理交错，结构细腻，油漆、抛胶黏性能良好，耐腐性强。
2、金丝檀木
①、在金丝檀木天然的木色中，金色和黑色曲线跃然眼前，色彩醒目且极具流动感，任何一个切面都可以清晰地表现出木纹的美感。而且金丝檀木木质硬、加工难度大，所以用金丝檀木制作出来的每一件产品都满溢浓烈的自然气息。
②、金丝檀木最大可达到3250px，生长环境特殊,生长在平均海拔1600米以上山丘地带.土壤表层含有丰富矿产资源.树木的根茎深扎入矿物层,吸收营养和水分,所以其木材中含金属质感。
③、金丝檀木干燥慢，取材率低。
参考资料来源：百度百科-海棠木
参考资料来源：百度百科-金丝檀