复旦：微电子（全国排名第二，仅次于清华，但二者侧重点不同），软件学院（据说政府的一些软件是他们设计的） 数学
交大：经济学类（大一按大类招生，文理兼招，不知算否） 计算机科学（校内称cs） 电子工程（称ee） 信息安全工程（貌似本科一般研究生一流，请楼主自行考证） 船舶与海洋工程学院（按大类） 机械类中的工业工程 还有致远学院（应该是要另外加试才能进得），ACM班之类的
总的来说交大工科比复旦好，但微电子除外。但两所学校培养方式有较大区别，还请楼主仔细考察
追问能具体说说两者培养方式的区别吗？谢谢！
追答专业课上不是很清楚（毕竟我不可能把所有专业都学过是吧），
交大在通识课（也就是全校学生几乎都可以选的课）方面还是放的比较开的，只要你选的上你就可以学很多专业之外的东西，还有一个新生研讨课，你可以接触一些最新的东西，了解世界上某个领域的新进展
复旦我就不是很清楚了，有个书院制，据传可以类比霍格沃茨四个院，不清楚你可以去复旦官网上问