水产养殖中，目前面临的主要问题：
其一，产业发展与资源、环境的矛盾加剧。未能摆脱产业发展是建立在对资源、环境等生产力要素的大量占有、依赖甚至是破坏的基础上，生态安全问题已成为制约水产养殖业发展的重要因素。外部水资源紧缺和污染制约了水产养殖，水产养殖排污又影响了外部环境。
其二，养殖病害频发，引发较大经济损失。传统养殖方式和管理与现代渔业不相适应，盲目追求高产，造成病害频发，养殖产量和效益受到很大影响，对养殖业健康发展构成重大影响。不合理和不规范用药导致养殖产品药残，影响到水产品的质量安全消费和出口贸易，制约了养殖业的发展。
其三，基础工程设施薄弱，集约化程度亟待提高。养殖设施落后，技术含量低，已严重不能满足现代水产发展的要求，制约了我国水产的健康发展。我国的池塘养殖，基本上沿袭了传统养殖方式中的结构和布局，仅具有提供鱼类生长空间和基本的进排水功能，池塘现代化、工程化、设施化水平较低。
其四，良种选育研究滞后。人工选育的良种很少，占水产养殖总产量70%以上的青草鲢鳙等主要养殖种类目前仍依赖未经选育和改良的野生种。
其五，水产养殖产量与饲料需求存在较大差距。在水产养殖方面，每年大约有3000万吨以饲料原料的方式投喂，粗放式水产养殖导致资源浪费，环境恶化。比如草鱼养殖产量近510万吨，对饲料需求量为760万吨；鲤鱼养殖产量近300万吨，对饲料需求量为450万吨；鲫鱼养殖产量近260万吨，对饲料需求量为390万吨；鳊鲂养殖产量近73万吨，对饲料需求量为110万吨；青鱼养殖产量约53万吨，对饲料需求量为79万吨。
其六，水产养殖发展空间受到挤压。经济社会的发展和建设用地的扩张造成水面滩涂被蚕食和占用，内陆可养殖水面减少，养殖水面开发利用遇到了困难，引发了渔民权益保障和生产生活安置问题。
其七，质量安全和市场监管问题。科技创新能力不足，新型替代渔药和疫苗研发滞后，种质退化、饲料技术落后等影响质量安全；开放式的养殖场所对外源环境污染难于控制，造成水产品中有毒有害物质超标；执法监管手段有限，面对分散养殖和产品流通经销，监管难于完全到位；质量标准缺失和进口国标准缺乏衔接，使我国水产品在出口贸易中遭遇不公正的待遇。
其八，水产品加工技术水平不高，加工能力十分有限。水产品加工技术特别是大宗产品加工综合利用技术尚不成熟和配套，直接影响了水产养殖业的快速发展。