人体本身的免疫功能，都有一个“识己排他”的作用，自己体内的东西都可以和平共处，不是自己身体里面的东西都要千方百计的排斥出去。造血干细胞的移植，如果配型是全相合，则机体可以把这个“他”当作“己”而不予排斥，但供受双方即使HLA全相合，也是目前检测的6个位点相合，没有检测的其他次要位点有不合的，所以移植排斥或多或少都存在。那么就要应对这一排斥现象作出预防和处理，预防就是尽可能地寻找全相合的供者，处理就是用一些药物降低机体的“识己排他”的作用，然而一旦这种作用降低了也给病原菌的入侵和感染开启了通道，因为正常情况下通过“识己排他”的作用人体可以驱除病原菌。所以移植后的两大主要问题就是排斥问题和抗感染的问题。
早期的并发症有：
感染，包括细菌、真菌、病毒感染和卡氏肺囊虫肺炎，其中又以巨细胞病毒（CMV）引起的间质性肺炎（IP）为最严重。
肝静脉闭塞病（VOD），其临床症状为不明原因的体重增加、黄疸、右上腹痛、肝大和腹水。③移植物抗宿主病（GVHD），即移植的排斥反应。
晚期的并发症有：
白内障，主要与全身照射有关，糖皮质激素和环孢菌素等药物的运用也可促其发生。
白质脑病，主要见于合并中枢神经系统白血病（CNSL）而又接受反复鞘内化疗和全身高剂量放、化疗者。
内分泌紊乱，表现为甲状腺和性腺功能降低。
继发肿瘤，少数患者数年后继发淋巴瘤或其他实体瘤。