按照历史沿革这两个系统还都存在，但组织机构变化很大。
中统：38年成立，名叫国民党中央执行委员会调查统计局，一直持续到47年。47年改名为中央党员通讯局。49年划归内政部，变成内政部调查局。1954年10月，又改组为司法行政部调查局。也就是现在的法务部调查局。
军统：38年成立，名叫
国民政府军事委员会调查统计局。46年改组为国防部保密局。49年主要机构搬迁至台湾。50年保密局恢复正式编组。55年改组为国防部情报局。85年与国防部特种情报室合并成立军事情报局，至今。
总之，在情报搜集和特务职能方面，军统一直不失本色；而中统在49年之后基本失去了情报职能，原因是
蒋介石很难插手中统的人事安排，党务系统主要是
陈立夫、陈果夫掌握，在49年以后逐渐失势。