这首先是由飞行的独特性决定的：受风的影响，飞机飞行的速度会有不同，以至于同一条航线的往返时间可能有明显区别。实际上，哪怕是其他条件完全相同的同一航线，在同一天里的飞行时间也不一定相同。
在解释这个问题以前，先看空速和地速这两个概念。飞机在空中飞行，依靠的是空气快速流动通过机身而产生升力，这指的就是空速，飞机相对于空气的移动速度，不是飞机相对于地面的移动速度。换句话说，即使空速相同，地速也可能有不同。至于地速的大小，最直接的一个外力影响就是风，顺风飞行则地速要高一些，相反，逆风飞则地速显得慢一点，好比船在江中逆水而上和顺流而下，速度也可能不一样。
说到风，地球上的高空风基本以西风为主，也就是说，多数时候风都是由西方吹来，并且，高度层越高，风力也越大，最大时风速可以达到每小时200多海里。很自然地，当我们乘坐飞机由东方飞向西方，其间需要消耗的时间就会比相反方向由西方飞来要长一些。这时，不少飞行员为节约行程时间，可能会向空管申请飞得低一些，因为在较低的高度层，逆风的风速也会相对小一些。
简单分析，假设一架飞机由西向东飞行，迎面而来的风，速度达到50海里/小时，而飞机的空速保持在450海里/小时，那么，飞机相对地面的移动速度就减慢到400海里/小时，反之，如果向东飞行，同样条件下，地速就会提高到500海里/小时。
再看两个实例：北京飞往法兰克福的航班，从北京起飞后向西方飞行，去程的时间约为9个半小时到10小时左右，而从法兰克福飞回北京的时间仅为8个半小时左右，这就是西风带对飞行时间的影响。飞行距离越远，往返于同条航线的时间差也越大。比如，上海飞往成都需要3小时20分钟，而成都飞回上海只需要两个半小时。
此外，夏季的风要比冬季的风来得温柔许多，于是我们经常看到，各个航空公司都有按季节划分的航班时刻表——当然，这除了有风的因素导致部分航班的往返时间需要进行调整，可能影响航班时刻的因素还有客流变化、调度安排以及部分国际航线涉及时区变化等。
以上解释了为什么同一航线的往返飞行时间可能有明显区别。但还有一种现象，比如武汉飞北京，一天中有的航班只需要1小时45分钟，有的航班却需要2小时甚至更多一些时间，这又是为什么？这就不完全是飞行速度的关系了，还包含了另一个客观因素——机场流量问题。于是我们会留意到，一般只需要1小时45分钟的航班都出现在一大清早和夜班航班，当时机场流量相对较小，飞机空中等候时间较短，而需要两小时以上的航班多半出现在高峰起降时段。
追问非常感谢你的回答，很专业，虽然看得有些云里雾里的，呵呵。。。
还有几个小问题要请教。
1、你说的意思，我们一般计算飞机飞行或到达时间是按照地速计算的？
2、降低飞行高度，是不是也为了减少飞行半径？就是飞机到地心的距离，从而减少飞行距离？
追答1.是的，是按地速计算
2.降低飞行高度是为了减少高空中的风速影响，你说的减少飞行半径也是一部分原因但是最主要是减少风阻。