先天性斜颈的鉴别诊断主要包括以下几个方面：
1. 先天性骨性斜颈：这种疾病通常由枕颈部的先天畸形引起，如短颈、颅底凹陷或半椎体等。这些畸形可能导致斜颈和面部不对称，但不会形成典型的胸锁乳突肌条索状挛缩带或肿块。X线检查是诊断这类病症的有效工具。
2. 小儿颈部淋巴腺炎：婴儿期若患上颈部淋巴腺炎，可能引发斜颈并伴随颈部肿块，但这些肿块通常压痛明显，且不在胸乳头肌内，与先天性肌斜颈的特征不同。
3. 自发性寰枢椎旋转性半脱位：这种病症也可导致斜颈，通常伴随颈部旋转受限和疼痛。与先天性肌斜颈不同，胸锁乳突肌不会出现紧张的条索带，X线检查有助于区分。
4. 颈椎结核：颈椎结核可引起胸锁乳突肌痉挛，导致斜颈，但患者通常有剧烈的颈部疼痛、活动受限和下颌偏向患侧，通过X线检查可以明确诊断。
在鉴别诊断时，还需排除癔症性斜颈、习惯性斜颈、损伤性斜颈以及小儿麻痹后遗症所引起的斜颈。每个类型的症状和体征都有所不同，临床医生会结合病史和检查结果进行细致的鉴别。
先天性肌斜颈是胸锁乳突肌的先天性单侧挛缩，导致头和颈的不对称畸形，头倾向患侧，下颌转向健侧。是一侧胸锁乳突肌纤维性挛缩、颈部向同侧偏斜的畸形。多因产伤、异常分娩或胎位异常，引起胸锁乳突肌损伤、血肿机化、挛缩而致。先天性肌斜颈是1912年Klippel和Feil报道，称为Klippel-Feil综合征。又称为先天性骨性斜颈或先天性颈椎融合畸形，系指两个或两个以上颈椎融合。主要表现为颈椎缩短。MRI能够明确地显示颈椎融合的节段，并可确定脊髓受压部位和严重程度。