广东南部沿海地区由于上新世末地壳的抬升，至早更新世初期为一个风化剥蚀期，称涠洲风化期；到了早更新世晚期和中更新世中期继续出现石康风化期和海口风化期。各个风化剥蚀期的相继出现，除了受区域地壳运动的制约外，主要还与冰期影响海平面的变化有关。深圳地区在早更新世早期相当于鄱阳冰期时，海平面下降，中低纬度地区一般为雨期，侵蚀和堆积作用尤为强烈，地面被夷平，到了鄱阳—大姑间冰期，海平面回升，夷平作用减弱，地壳运动抬升，形成高台地（四级台地）薄层红壤型风化壳残积层。间歇性的海平面下降与回升，相继在早更新世晚期至中更新世（大姑冰期、大姑—庐山间冰期）形成中台地风化壳，同时沿海及内陆某些地区形成Ⅳ级冲洪积阶地，香港发现的中更新世冲洪积沉积层，大致形成于这一时期。以后至晚更新世早期（庐山冰期、庐山-早大理间冰期）低海平面和地壳的持续抬升，出现合流风化期，形成了低台地（一、二级台地）风化壳。形成中、低台地的风化岩相特征为厚层红壤型风化壳网纹状残积堆积。
晚更新世中早期（距今40000～32000a），经历庐山—早大理间冰期之后，海平面略有所回升，但仍属间歇性，此时海滨地带开始出现由砂、黏土、泥炭的海湾潟湖相沉积，滨岸地带由粗砂、砂砾、砾石组成的河流冲积相十分发育，呈不整合覆盖在下伏基岩风化壳之上；内陆地区具有明显二元结构的河流Ⅱ级阶地沉积相亦已形成。这时沿岸丘陵植被优势种为栲、栎、松及陆均松、苏铁、罗汉松等热带、暖温带等针叶树，伴生的热带植物还有棕榈科、山榄科、杜英属、桑科等。出现少量红树花粉，沼泽周围有草本红树植物——卤蕨生长，说明当时受到海水的影响，具有河、海交互作用的特征。气候炎热、潮湿，推断年平均温度约为18～21℃。晚更新世中晚期（距今32000～22000a），海进有所扩大，进一步演变成海积-冲积过渡为滨海相沉积，与下伏地层为连续沉积。含海生微体生物有孔虫——茸刺希望虫，这类生物一般生存在潮间带小于3.6m深度，或在河口、潟湖地带，基本属河口-滨海相种。这时（约距今30360a）滨岸山地以常绿栎类、栲、杜英、水龙骨科、桫椤科为主的南亚热带季风常绿阔叶林；海滨地带红树植物比前期增多，如秋茄、红树、木榄、桐花树等，还有少量海桑，卤蕨含量很高，反映了暖热湿润的南亚热带海滨环境，可能为红树林潮上带。到了晚更新世晚期（距今22000～12000a）迎来了晚大理冰期，海平面又开始下降，河流作用加强，海滨底部的粗砂与粉砂质黏土互层，反映了河流相的堆积，与下伏地层为连续沉积。此时雨水充沛，雨季多暴雨，内陆的河谷地带容易形成Ⅱ级冲积和洪积阶地沉积。此时的气候基本由暖热转凉爽。地壳的抬升，造成晚更新世末的礼乐风化期，该区出现的杂色花斑状黏土，正是代表了晚大理冰期低海面红土风化作用的产物。
进入早全新世（12000～7500a），海平面回升，西部海滨出现呈透镜状淤泥质砂、砾砂、圆砾等海滩相沉积，不整合覆盖在下伏晚更新世沉积层之上。滨岸山地植被以栲、栎、松占优势、混生有蕈树、金缕梅科、大戟科、芸香科、五加科、山龙眼科、山榄科等，此外有少量落叶树桦、桤木及鹅耳枥；海滨则出现了海滩植物红树和猪笼草等。这些植被的植物已与现代种类相当接近，标志着已进入全新世时期。此时滨岸河谷地带河流冲积相沉积中，含淡水种及半咸水种藻类，也表明河流作用的加强，并反映了海平面已开始回升。此时的雨水仍较充沛，内陆的河谷地带，Ⅱ级冲积和洪积阶地沉积仍十分发育。气候暖热潮湿，推断年平均温度约为19～22℃。
中全新世早期（距今7500～5000a），海平面继续上升，西部沿海地区形成了含贝壳腐木淤泥、粉砂淤泥的河口-滨海相沉积，有孔虫为毕克卷轮虫、粗糙希望虫、光辉面包虫和半缺五玦虫等，与其下伏地层为连续沉积。滨岸地带河流的下游，形成了粉细砂、腐木粉细砂冲积相沉积，含咸水种和半咸水种藻类，反映当时为受海水影响很强的环境。内陆地带因受雨期的影响，河谷附近常形成Ⅰ级冲积和洪积阶地相沉积。距今约7080a，西部海岸山地平原滩地以常绿栎类、栲、红树植物、桫椤、水龙骨科和凤尾蕨为主。海滨红树林植物繁茂，有桐花树、秋茄、木榄、红树、红海榄、海莲及海漆等，并有少量海桑，反映气候热而潮湿，但后期气温比前期低一些。大约距今6000a前，是该期海进的昌盛时期，滨岸沉积可能达到最大范围，当时深圳地区东部的一些海湾沉积了较宽阔的海滩砂堤，塑造了大鹏湾、大亚湾基岩——海湾砂砾海岸，海湾旁侧常有淡水溪流入海，加上较适宜的气候环境，为该区最早的人类活动提供了有利的场所。从咸头岭遗址仅发现结构简单的房基和零散柱洞、红烧土堆积、灰坑等来看，先民们的生活形式基本属于原始、分散、季节性流动和以渔猎为生的滨海聚居。从此时划分为Ⅰ期文化的特征来看，仅见于工期出土的彩陶，彩绘图案既有别于中原仰韶文化的彩陶，与闽、台彩陶也有差异。夹砂陶出土最多，其特点是陶胎厚薄不均，多夹粗砂，陶胎较厚重，火候低，易碎，常见夹心现象，纹饰以细绳纹和篦划纹为主，尤其是罐、釜类的肩部呈复线弧形篦划纹；石器出土较少，有打制刮削器和用河卵石制作成亚腰形的网坠，均表现出一定的原始性，属于新石器时代中期。中全新世晚期（距今5000～2500a），沿海地区继早期连续沉积了淤泥质细砂、粉砂、含贝壳砂质淤泥的河流-滨海相沉积，含毕克卷轮虫、嗜温卷轮虫、半缺五玦虫等微体生物。第一阶段（距今约5000a）海岸山地以生长常绿栎类、栲、红树植物、松、水龙骨科、凤尾蕨为主；海滨红树林数量比中全新世早期略减少，针叶树——松的增多，也说明当时气温比早期低一些，湿度也小一点，气候偏凉干；第二阶段海岸山地以生长常绿栎类、栲、杜英、禾本科、莎草科、水龙骨科、桫椤等为主，滨海红树植物比第一阶段有所增多，有桐花树、红海榄、木榄、秋茄、海莲、海漆等，气候热而潮湿。可以看出，两个阶段呈现：偏凉、稍干、红树林少-热、潮湿、红树增多的气候环境更替。与该期第一阶段气候环境相对应，沿岸河谷地带形成了含砾混合砂的冲洪积相（河流Ⅰ级阶地）沉积，含半咸水种与淡水种藻类，咸水种甚少，海水作用减弱，这也是海滨红树林比前减少的原因。大约距今5000a，该区的人类活动又近了一步，暂称之为Ⅱ期文化。由Ⅰ期文化以东部海岸为活动中心，逐步向西部海岸（甚至包括现今的内伶仃岛）方向发展，聚居场地由开始的海滨砂丘渐向纵深的山冈地带开发，于是有了原始农业的产生。该时期的陶器制作，已有了慢轮加工，器型规整，烧成温度可达800℃以上。砂丘遗址出土夹砂陶的比例较大，山冈遗址出土较少，可能与受当时雨水冲刷严重，夹砂不易保存有关。夹砂的陶器多为炊具、器座和炉算，陶色以黑色为主，灰砂陶的纹饰以绳纹为多，其次是篮纹、曲折纹、贝印纹及少量云雷纹、编织纹等。双肩石器较普遍，磨制石器占绝对多数，打制和天然石料工具甚少。大部分石器制作良好，刃部锋利。此外还有箭镞和制作难度较大的装饰品，如环、耳坠等。Ⅱ期文化从几何印纹陶出现至发展到较盛行阶段，延续时间较长，上承Ⅰ期文化，下接青铜器时代，大致延续至相当于中原地区的商周时期。从Ⅱ期文化逐渐过渡到所谓Ⅲ期文化，据已发现的遗址分析，除了先民原有的滨海聚居地之外，还遍及西部地区的西乡河的中上游、大沙河的西侧、观澜河东测、凤凰岩、笋岗山、高桶岭山等河谷平原或山冈，这可能与当时扩大农业活动或和战事需要有关。Ⅲ期文化的最大特点是陶器制作工艺大大提高，已使用快轮加工，陶器质量较高，烧成温度可达1200℃；以夔纹为主题的两种花纹以上组合的陶器纹饰普遍存在；陶器纹饰仿中原商周青铜器上的蟠螭纹、勾连雷纹；拍印几何纹清晰整齐；器形硕大。在罐、豆等器物上出现琉璃状黄绿釉，可称为广东的原始瓷；此期夔纹陶类型往往伴有青铜器出土。已进入青铜器时代，其年代当在春秋时期。
到了晚全新世（下限距今2500a）时期，西部滨海包括河流下游入海的广阔地区，形成了下部含少量贝壳碎片、炭泥质物或含泥粉砂砾；上部以砂质黏土为主或夹淤泥质砂的海-河交互相沉积，以假整合上覆于下伏沉积层。西北部海岸现今沙井至南头一带，大致在距今2500～1500a之间，相当于晋代时期，才由海逐渐淤积成陆地。植被的生长和气候环境有过多次更替。第一阶段（距今2500a）海岸生长以常绿阔叶林-草地植被繁盛，海滨红树植物比前期减少，海水作用减弱，松及凤尾蕨的增多反映气候暖热稍干；第二阶段滨岸有红树林生长，但由于海水迅速退出，使平原地区生长的蕨类及草本群落茂盛，气候暖热稍干；第三阶段滨岸山地、平原沼泽生长以常绿栎类、落叶栎类、红树植物、禾本科、莎草科、水龙骨科和桫椤为主的常绿阔叶林-草地。红树植物比前阶段又有所减少，反映气候暖热而潮湿。第四阶段〔距今（957±100）a〕常绿阔叶成分减少，人类活动逐渐加强，农田的开垦和草地面积的扩大，使植被逐渐过渡为常绿阔叶林-草地植被和常绿阔叶、针叶混交林-次生性草地植被，滨海红树林的数量和面积进一步减少，气候暖热而稍干。距今2250a逐渐进入到所谓Ⅳ期文化，其主要特点是出现瓮、簋、盒、盅、圆锥足釜形鼎等新的器种。在纹饰方面，除盛行米字纹外，器肩上下划复线弦纹、中间夹复线连续水波纹。这一时期最大的特征是青铜器和铁器、夔纹陶与米字纹陶共存，有学者认为可能代表青铜器时代的末期和铁器时代的初期，相对年代当在战国时期。