朱棣登基时,仍在世的朱标的妻子有:太子妃元妃常氏,朱棣与侄儿争位带军攻入南京城,1402年登基,但是他继承的不是他侄子的皇位,而是他父亲朱元璋的皇位。在他上位后取消他哥哥的朱标的庙号还有常氏的太子妃封号,让她的身份直接变为了皇太子妃,而且在后来的200多年里,都没有被承认恢复。南明朝廷重新封为了孝康皇后。
继妃吕氏,朱棣正式登基后撤销了朱标的皇帝称号,吕太后(建文帝封)名号也被废黜,改称皇嫂懿文太子妃。随后将吕太后迁往明东陵为懿文太子朱标守陵。至于吕太后何时去世,明史没有准确记载,据万历野获编记载,吕太后大约活到了永乐十二年,最终孤独离世。
在世的儿子们有建文帝朱允炆,按照朱棣的说法,建文帝放火自尽,但明史中建文帝在靖难之变后下落成谜,传说成了和尚应文。
吴王朱允熥,《莱阳县志》卷末附记:“…明吴王允熥为懿文太子标三子…及靖难师入京,降为郡王,其年九月,又废为庶人,永乐十五年暴卒。”
衡王朱允熞,朱棣称帝降封其为怀恩王,居建昌,九月,与三哥吴王朱允熥俱被召还京,废为庶人,禁锢凤阳,约1417年卒。南明朝廷追封。
徐王朱允火熙,被“降为敷惠王”,永乐二年被改封瓯宁王,“不遣之国”世奉太子祀。(与吕太后一起)永乐四年,府邸中起火被烧死。谥曰哀简,年十六。弘光继位,复爵,“于原谥减一字”,是为徐哀王。