高速货车检查站不进站将会被监控系统抓拍处罚，具体的处罚要根据相关交管部门处理。
属于轻微超限的，执法人员将不登记，不卸货、不赔偿、不处罚，教育放行；属较轻超限的，执法人员将进行登记，并要求当事人自行卸货分载，按标准缴纳公路补偿费，不处罚，不扣分，警告教育；属于轻超限的，将强制卸货，按规定缴公路补偿费，并处按超限严重程度处罚，交警扣分处理。
公路超限检测站违反有关规定的，由县级以上人民政府交通运输主管部门责令改正，对负有直接责任的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分，并由省、自治区、直辖市人民政府交通运输主管部门予以通报；情节严重的，由交通运输部予以通报。
【法律依据】
《公路超限检测站管理办法》
第四十条车辆所有人、驾驶人及其他人员采取故意堵塞公路超限检测站通行车道、强行通过公路超限检测站等方式扰乱超限检测秩序，或者采取短途驳载等方式逃避超限检测的，由公路管理机构强制拖离或者扣留车辆，处3万元以下的罚款；构成违反治安管理行为的，依法给予治安管理处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。