分子：物理化学上，是构成物质的一种基本粒子的名称。物理上，物质大多数是由原子构成的分子组成，通常使用显微镜来观测。分子还可分为原子。
原子：原子（atom）指化学反应不可再分的基本微粒，原子在化学反应中不可分割。但在物理状态中可以分割。原子由原子核和绕核运动的电子组成。原子构成一般物质的最小单位，称为元素。已知的元素有119种。因此具有核式结构。
补充：
分子是物质中能够独立存在的相对稳定并保持该物质物理化学特性的最小单元。分子由原子构成，原子通过一定的作用力，以一定的次序和排列方式结合成分子。以水分子为例，将水不断分离下去，直至不破坏水的特性，这时出现的最小单元是由两个氢原子和一个氧原子构成的一个水分子（H2O）。一个水分子可用电解法或其他方法再分为两个氢原子和一个氧原子，但这时它的特性已和水完全不同了。有的分子只由一个原子构成，称单原子分子，如氦和氩等分子属此类，这种单原子分子既是原子又是分子。由两个原子构成的分子称双原子分子，例如氧分子(O2)和一氧化碳分子(CO)：一个氧分子由两个氧原子构成，为同核双原子分子；一个一氧化碳分子由一个氧原子和一个碳原子构成，为异核双原子分子。由两个以上的原子组成的分子统称多原子分子。分子中的原子数可为几个、十几个、几十个乃至成千上万个。例如一个二氧化碳分子(CO2)由一个碳原子和两个氧原子构成。
原子是一种元素能保持其化学性质的最小单位。一个正原子包含有一个致密的原子核及若干围绕在原子核周围带负电的电子。而负原子的原子核带负电，周围的负电子带正电。正原子的原子核由带正电的质子和电中性的中子组成。负原子原子核中的反质子带负电，从而使负原子的原子核带负电。当质子数与电子数相同时，这个原子就是电中性的；否则，就是带有正电荷或者负电荷的离子。根据质子和中子数量的不同，原子的类型也不同：质子数决定了该原子属于哪一种元素，而中子数则确定了该原子是此元素的哪一个同位素。 原子构成分子而分子组成物质中同种电荷相互排斥，不同种电荷相互吸引。
什么是分子
分子是保持原物质化学性质的基本微粒。分子是构成物质的微粒。在物质的结构中，它是个中间层次。它能再分成原子等微粒，也能聚集成晶体。分子很小，肉眼看不见，但可以用电子显微镜把它放大后拍摄下来。分子在不断地运动。在外界条件作用下，不同物质的分子通过它们的扩散、碰撞、能量传递而发生化学反应。在物体中，分子之间有间隔，因此物体会热胀冷缩。
一般物质在不同条件下有三态变化，主要是它们的分子之间的间隔大小发生变化。同种物质的分子性质相同，不同种物质的分子性质不同。发生物理变化时，物质的分子不变；发生化学变化时，新生成的分子的化学性质跟原来的分子不同。分子有大有小。大分子的分子量可高达几百几千，甚至几万几十万。其中由简单结构单元以重复方式排列而成的分子叫做高分子。没有重复单元的只能叫大分子。
什么是原子
原子(atom)指化学反应不可再分的基本微粒，原子在化学反应中不可分割。但在物理状态中可以分割。原子由原子核和绕核运动的电子组成。原子构成一般物质的最小单位，称为元素。已知的元素有118种。
本回答被网友采纳分子是保持物质化学性质的最小粒子。原子是化学变化中的最小粒子。 分子与原子 都是构成物质的一种粒子，质量和体积都非常小，彼此间有间隔，在不停地运动，都既有种类之分，又有个数之别，都不显电性。分子总是在不断的运动。
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原子：原子指化学反应的基本微粒，原子在化学反应中不可分割。
分子组成：有不同原子组成，比如氧气：H2O，有两个氢原子和一个氧原子组成
原子组成：由质子和中子及核外电子组成，质子带正电荷，中子不带电，核外电子带负电荷，质子数=核外电子数，所以原子不带电
在化学反应中，分子可重组，而原子不可重组，但它可得失电子。当最外层电子数小于等于4时，是金属元素，容易失去电子。当最外层电子大于4小于8时易得电子。当最外层电子等于8时，原子处于相对稳定状态，比如稀有气体，但四种稀有气体中，只有氦气最外层电子数为2，它也属于相对稳定状态。
原子可直接构成物质，金属汞就由原子直接构成。