北京协和医学院是清华大学的下属。北京协和医学院、清华大学医学部和清华大学医学院这三者没有区别都是指清华大学的医学系。
2002年9月教育部、卫生部两部领导签署了清华大学与中国协和医科大学紧密合作、共建“清华大学北京协和医学院”的协议，中国协和医科大学进入“211”和“985”工程建设项目。此协议在2007年5月的新协议诞生后终止。
2006年9月，根据清华大学和中国协和医科大学签署的《清华大学和中国协和医科大学关于落实两部协议的实施意见》，中国协和医科大学更名为北京协和医学院（清华大学医学部）。
2007年，中国协和医科大学正式更名为“北京协和医学院”。
扩展资料：
《清华大学和中国协和医科大学关于落实两部协议的实施意见》
（1）中国协和医科大学更名为“北京协和医学院-清华大学医学部”，英文名称为“Peking Union Medical College, Tsinghua University”，接受教育部、卫生部双重领导，其原有的隶属领导关系、资产关系和经费管理体制保持不变。
“北京协和医学院-清华大学医学部”仍为独立法人，对人事、财务和资产行使独立法人权利及承担独立法人责任。
（2）在卫生部、教育部的共同支持下，发挥清华大学多学科综合优势，优化整合医学教育资源，根据充分酝酿、积极准备、稳健推进的原则，将原中国协和医科大学和原清华大学医学院逐步整合成为一个一流的医学院，清华大学不再另办医学院。
（3）北京协和医学院-清华大学医学部的学科建设由清华大学纳入“211工程”和“985工程”等国家重点建设工程的整体规划及其他相关计划之中，在政策和投入等方面给予重点支持。
（4）北京协和医学院-清华大学医学部和清华大学共同制订临床医学专业的学生和研究生招生培养计划，临床医学专业的学生和研究生具有“北京协和医学院-清华大学医学部”和“清华大学”两校学籍。
学籍管理和日常管理根据教学需要分阶段在不同校区执行，将责任落实到校区。临床医学专业及非临床医学专业的学生研究生毕业证书和学位证书盖“清华大学”和“北京协和医学院”两个公章。
（5）清华大学和北京协和医学院-清华大学医学部成立专门工作班子，共同负责《实施意见》的具体操作，分步加以实施。北京协和医学院-清华大学医学部将有关医学院统计数据报卫生部，各项办学指标由清华大学统计汇总报教育部。
参考资料来源：百度百科-清华大学医学院