主要区别有，性质不同、作用性不同、特点不同，具体如下：
一、性质不同
1、刚性防水屋面
刚性防水屋面是采用混凝土浇捣而成的屋面防水层。
2、柔性防水屋面
柔性防水屋面是以沥青、油毡等柔性材料铺设和粘结或将高分子合成材料为主体的材料涂抹于屋面形成的防水层。
二、作用性不同
1、刚性防水屋面
在混凝土中掺入膨胀剂、减水剂、防水剂等外加剂，使浇筑后的混凝土细致密实，水分子难以通过，从而达到防水的目的。
2、柔性防水屋面
柔性防水屋面是用防水卷材与胶粘剂结合在一起的，形成连续致密的构造层，从而达到防水的目的。
三、特点不同
1、刚性防水屋面
刚性防水屋面优点是，成本便宜，耐久性好，维修方便。缺点是密度大，抗拉强度低，拉应变小。
2、柔性防水屋面
柔性防水屋面的主要优点是，对房屋地基沉降、房屋受振动或温度影响的适应性较好，防止渗漏水的质量比较稳定。缺点是施工繁杂、层次多，出现渗漏水后维修比较麻烦。
参考资料来源：百度百科-刚性防水屋面
参考资料来源：百度百科-柔性防水屋面
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