截止2019年6月，合肥学院的校长是王其东。
王其东，1964年生，教授、博士，博士生导师。1987年参加工作，1985年加入中国共产党，2008年1月任合肥工业大学研究生培养处处长、校党委委员。2011年任安徽理工大学党委常委、副校长。2016年任安徽理工大学党委副书记、校长。现任合肥学院党委副书记、院长。
多年来，一直致力于汽车动力学控制与现代设计方法的研究，在核心刊物和学术会议上发表论文50余篇，主持和参加“863”项目、国家自然科学基金、博士点基金、中航基金等国家和省部级计划项目近20项；承担企业委托项目20多项。获省部级科技进步一等奖1项、二等奖2项、三等奖4项。