在临床上，肝穿刺活检已经有100余年的历史了。肝穿刺活检是利用穿刺器材的负压吸引原理，从肝脏中取出长约1-2厘米、细如大头针一般的肝组织做光学及电子显微镜检查，也叫肝活体组织检查。随着穿刺器械和操作方法的不断改进，现在普遍采用Menghini一秒钟肝穿刺法，方便安全，成功率高，且无明显不良反应，已被广泛应用于临床。
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临床上，许多诊断比较困难的急慢性肝病，如各型病毒性肝炎、酒精性肝炎、脂肪肝、肝肉芽肿、肝肿瘤、肝脓肿、肝结核、临床吸虫病、原发性胆汁性肝硬变及各种代谢性肝病（肝豆状核变性、肝糖原累积病、肝脏淀粉样变性）等，通过肝穿刺可以了解病人的肝脏病变，为肝病的诊断提供重要的线索。
3大部分肝炎病毒是嗜肝病毒，它们往往多在肝组织中寄生。目前仍有一些病毒性肝炎，通过临床化验难以确定其病原体。但是，通过肝穿刺，用超敏感免疫组织化学和原位分子杂交技术，可检测出寄生在肝组织中的肝炎病毒。
4临床上，有不少慢性乙型肝炎患者，感染乙肝病毒时间很长，但抽血化验发现转氨酶异常可能仅有半年时间，乙肝病毒载量水平也不高。这种病人，通过肝穿刺活组织检查能直接了解肝组织的病理变化，发现慢性肝病是否处于活动期，并能推断其病变的轻重程度，做出较客观、精确的诊断。