保密资质办理流程如下：
1、定密。符合申请保密资格的企事业单位到相关部门开具《保密资格认证等级建议表》，相关部门包括军队资格审查申请受理点、军工集团公司、项目总承包单位或法律法规规定的有关部门；
2、建保密制度。按照规定，在单位内部成立保密委员会、进行单位内部的各项保密制度建设；
3、保密室建设。根据《保密资格认证等级建议表》进行保密要害部门、部位的建设和保密档案的建立；
4、提交申请。向国家或省级保密行政管理部门报送《申请书》和有关材料，军工保密资格认证委组织进行书面审查；
5、模拟审查。按照审查内容，公司内部开展自查和模拟审查，做好充分准备以迎接保密行政单位组织的专家现场审查；
6、现场审查。书面审查通过后，准备迎接保密行政管理部门会同共同审批部门组织的现场审查。
保密的重要性：
1、保密工作是国家事务重大决策正常进行和顺利实施的重要保障；
2、保密工作是保障国防安全的重要手段；
3、保密工作是维护我国国际地位，保障国家重大外交、外事活动顺利进行的重要手段；
4、保密工作是改革开放和社会主义经济建设顺利进行的重要保障；
5、保密工作是保护我国科技发展优势，促进科技进步的重要手段；
6、保密工作是维护国家统一、民族团结和社会稳定的重要保障；
7、领导干部知悉和接触国家秘密范围广、事项多、密级程度高，有的甚至涉及全局性，历来是境外情报部门窃密活动的重点目标。要依法做好、依法管理、依法加强保密工作，关键在领导，重点也在领导。
综上所述，现场审查通过后。军工保密资格认证委做出是否批准的决定，并将申请单位有关材料报国家军工保密资格认证委备案，并颁发《武器装备科研生产单位保密资格证》。
【法律依据】：
《保密事项范围制定、修订和使用办法》第十一条
有下列情形的，中央有关机关应当与国家保密行政管理部门会商，组织制定或者修订保密事项范围：
（一）主管行业、领域经常产生国家秘密、尚未制定保密事项范围的；
（二）保密事项范围内容已不适应实际工作需要的；
（三）保密事项范围内容与法律法规规定不相符合的；
（四）因机构改革或者调整，影响保密事项范围适用的；
（五）其他应当制定或者修订的情形。
其他机关、单位认为有上述情形，需要制定、修订保密事项范围的，可以向国家保密行政管理部门或者中央有关机关提出建议。
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