1812年2月底，埃及王号远洋货船年轻的代理船长爱德蒙·邓蒂斯回到马塞港。老船长病死在途中，他曾托邓蒂斯把船开到一个小岛上去见囚禁中的拿破仑。拿破仑委托邓蒂斯带一封密信给在巴黎的亲信。结果准备和相爱多年的女友结婚的邓蒂斯在婚礼上被捕了。因为，在货船上当押运员的邓格拉斯一心要取代邓蒂斯的船长地位，便和邓蒂斯的情敌——弗南勾结，把邓格拉斯的一张告密条送到了当局的手中。
审理这个案子的是代理检察官维尔弗，当他知道密信的收信人是自己父亲时，为了确保自己的前途，他将邓蒂斯定罪为极度危险的政治犯，将其投到了孤岛上的死牢里。
邓蒂斯在死牢里度过了14个年头，在一位好心神甫的教授下，邓蒂斯学会了好几种语言，并得知了一个惊人的秘密：在一个叫做基督山的小岛上埋藏着一笔惊人的财富。
有一天，老神甫病死了。邓蒂斯灵机一动，钻进了盛放神甫尸体的麻袋中，结果狱卒将他当作神甫扔进了大海。邓蒂斯用刀划破麻袋，游到了附近的一个小岛上。次日，一只走私船救了他，他很快和船员们成了朋友。
他在基督山岛找到了宝藏，成了亿万富翁。他现在的目标只有一个，那就是复仇。在复仇之前，邓蒂斯决定先要报恩。埃及王号的船主是一个忠厚、勇敢而且热情的人。他曾帮助过他，可是后来他破产了，绝望当中，他准备自杀。邓蒂斯知道后，替他还清了债务，送给他女儿一笔优厚的嫁妆，还送给他一艘新的埃及王号。
得知自己的未婚妻已经同弗南结了婚，而自己的老父亲在病中抑郁而死。他的仇恨之火越燃越旺，他为复仇做了8年的准备之后回到了巴黎，化名为基度山伯爵，身份是银行家。此时，维尔弗是巴黎法院检察官，邓格拉斯成了银行家，弗南成了伯爵、议员，三个人都飞黄腾达，地位显赫。
基督山伯爵的目标首先是弗南。在报纸上他披露了弗南20年代在希腊出卖和杀害了阿里总督的事实，这使得弗南名誉扫地，狼狈不堪。
弗南本来寄希望于儿子同基督山伯爵决斗，以此“雪耻”，但他的妻子(邓蒂斯的未婚妻)早就认出了基督山伯爵就是邓蒂斯，她把真相告诉了儿子。最后她儿子不顾自己的名声，与基督山伯爵讲和，并决定同母亲一起抛弃沾满了鲜血的家产，不辞而别。
弗南失魂落魄地回到家里，在极度害怕与绝望中，他自杀了。
基督山伯爵的第二个仇人就是邓格拉斯。在投机事业中连续打击了邓格拉斯，使他折损巨款，几近破产。为了避免银行的倒闭，邓格拉斯将女儿嫁给了打扮成意大利亲王的儿子的“亲王之子”。在婚礼上，宪兵逮捕了这个逃犯，让邓格拉斯出了大丑。在无奈之下，邓格拉斯窃取了济贫机构的500万法郎逃往意大利。途中，他落在了基督山伯爵的强盗朋友手上。邓格拉斯饱受折磨和惊吓，他的头发全白了。
基督山伯爵最大的仇人是维尔弗，他决定用更残忍的手段全面摧毁维尔弗的一切。他先买下了维尔弗以前的一所处所，在这里维尔弗曾企图残忍地活埋自己和邓格拉斯夫人的私生子。基督山伯爵得知：维尔弗的后妻企图让自己的孩子独自继承遗产。于是他假装无意之中透露给她一个毒药配方，她利用这种毒药毒死了维尔弗的前岳母、老仆人，并阴谋毒死前妻的孩子。
由于曾经的因缘关系，基督山伯爵对孩子暗中保护，并让她暗中观察到了继母下毒的过程。最后，基督山伯爵将这个孩子送到了基督山岛上。维尔弗发现妻子因为罪行败露已经服毒身死，并毒死了自己心爱的儿子，在巨大的打击之下，维尔弗疯了。
基督山伯爵大仇已报，他深深地感谢上帝。于是，他便同收养的阿里总督的女儿海蒂一起离开了巴黎。