一、形态特征不同
1、蜥蜴：蜥蜴类动物牙齿细小，舌的形状、长短随品种而异。眼睛较发达，有些种类还有颅顶眼，除多数壁虎外眼睑多能运动，穴居类型的眼睛多隐于皮下。
其耳，鼓膜多显露，鼓膜发达。左右下颔骨以骨缝相联合，因此，口不能张开过大。多数蜥蜴有四肢，但有的只有前肢或后肢，指、趾末端有爪。有胸骨。
2、壁虎：壁虎吻斜扁，吻长约为眼径的2倍；吻鳞长方形，上缘与一对较大的鼻间鳞及其中间一片小形鳞片相联；鼻孔圆形，位于吻端，上唇鳞9~11片，由前往后逐渐变小；颏鳞五角形，前宽后窄。
后颏鳞3对，外侧一对最小；耳孔小，卵圆形，内陷体背自额、顶、颞、枕部至尾基被以粒鳞，粒鳞间散以少量扁平而较大的疣鳞，过体中邵粒鳞交错成12~14纵行。
腹面鳞较大，呈覆瓦状排列；尾背鳞片多少排成环状，每隔9~0排为一排整齐而略大鳞片；尾腹面有一列横向扩大的鳞片；尾基部膨大，每侧有大疣鳞3动；指趾间无蹼迹，笔1指、趾无爪，具单行趾下瓣雄性有肛前窝6~8个；体形中等，头体与尾几等长，体全长110~122毫米。
二、生活习性不同
1、蜥蜴：大部分的种类为肉食性，以昆虫、蚯蚓、蜗牛，甚至老鼠等为食。但也有以仙人掌或海藻为主食，或是杂食性的。
2、壁虎：壁虎是昼伏夜出的动物。白天，它潜伏在壁缝、瓦檐下、橱柜背后等隐蔽的地方，夜间则出来活动。夏、秋的晚上，壁虎常出现在灯光照射的墙壁上、屋檐下或电杆上，捕食蚊、蝇、飞蛾和蜘蛛等，是有益无害的动物。
三、栖息环境不同
1、蜥蜴：蜥蜴多在海拔1，000米左右或以下的地区生活。少数种类可生活于海拔2，000米左右的高山，如秦岭滑蜥、山滑蜥、康定滑蜥等。西藏沙蜥与喜山鬣蜥是垂直分布最高的少数蜥蜴，它们的生活地区常在海拔4，000米左右。
2、壁虎：主要产于我国西南及长江流域以南诸地区；也分布到日本和朝鲜。
以上内容参考 百度百科-壁虎
以上内容参考 百度百科-蜥蜴