1959年3月24日，中国共产党在永兴岛成立了“广东省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛工作委员会”和“广东省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处”，两者合署办公，受广东省直接领导，标志着这一区域的管理工作开始[5-7]。
1969年，办事处更名为“广东省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛革命委员会”，直到1981年10月，国务院批准恢复设立办事处，作为县级派出机构，隶属于海南省公署[5]。1988年海南省成立后，工委和办事处归属海南省管辖，正式更名为“中国共产党海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛工作委员会”和“海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处”，实行“一套人马、两块牌子”的体制，负责贯彻政策、执行决定、规划经济、党务管理和海域环保[5-7]。
1992年至1996年间，中共西南中沙群岛工作委员会书记徐天仁倡导建立“三沙市”，名称几经变化，最终定名为“三沙市”，以回应越南的主权挑衅[7]。2007年，国务院批准设立三沙市，原办事处被撤销，成为文昌市下属的县级市，但因越南抗议而推迟[7]。2008年，机构改革中，工委、办事处设置了多个行政职能部门和事业单位，员工人数增至330多人[5-7]。
2012年6月21日，国务院批准设立地级三沙市，管辖三大群岛，市政府驻永兴岛。同月，中国共产党海南省委员会决定撤销原工委，成立中国共产党三沙市委员会，肖杰任书记，标志着三沙市的行政架构全面确立[8,9]。7月24日，三沙市成立大会举行，中国共产党三沙市委员会、市政府、人大常委会及海南省三沙警备区正式合署办公[10]。
中国共产党三沙市委员会（简称中共三沙市委），成立于2012年7月23日，是中国共产党在三沙市的领导核心，由中国共产党三沙市代表大会选举产生，并在代表大会闭会期间，执行中国共产党海南省委员会的指示和中国共产党三沙市代表大会的决议，领导三沙市的工作，定期向中国共产党海南省委员会报告工作。中共三沙市委和三沙市人民政府实行“两块牌子，一套人马”的体制，市委机关驻地位于三沙市西沙永兴岛。