长久以来都是大陆清华大学优於台湾清华大学.具体可以参考以下两大排名.
2013年两岸四地(中台港澳)百强大学排名：
2014年英国QS亚洲大学排名：
台湾排名
亚洲排名 台湾排名
21 1 国立台湾大学
29 2 国立交通大学
33 3 国立清华大学
36 4 国立成功大学
46 5 台北医学大学
49 6 国立阳明大学
51 7 国立台湾科技大学
59 8 国立中央大学
73 9 国立中山大学
75 10 国立台湾师范大学
81 11 长庚大学
89 12 国立中兴大学
119 13 国立政治大学
123 14 国立台北科技大学
151~160 15 逢甲大学
171~180 16 国立中正大学
191~200 17 国立台湾海洋大学
201~250 18 辅仁大学
201~250 18 元智大学
251~300 20 中原大学
251~300 国立彰化师范大学
251~300 国立暨南国际大学
251~300 国立东华大学
251~300 国立高雄第一科技大学
251~300 国立台北大学
251~300 国立云林科技大学
251~300 东吴大学
251~300 东海大学
中国院校排名
8 北大
14 清华
22 复旦
25 中国科大
26 南京
28 上海交大
31 浙大
42 北京师大
50 南开
54 中山
57 西安交大
63 武汉
65 同济
72 上海
77 哈工大
78 中国人大
79 北京航空航天、北京理工
84 东南
85 厦门
93 天津
99 华东理工
102 华中科大
103 中国农业
105 吉林
106 山东
108 华东师大
109 北京交大
111 川大
118 北京工业
125 大连理工
133 北京科大
136 兰州
139 中南
150 北京外语
151-160 东华、国防科学技术
161-170 西北工业、华南理工
171-180 湖南
181-190 北京化工、电子科大
191-200 北京中医药、重庆、南京农业、上海师大、蘇州
201-250 北京邮电、中国药科、哈工程、华中农业、南京航空航天、南京理工、东北师大、东北、中国海洋、陕西师大、上海外国语、上海财经、华南师大、云南
251-300 中国地质、中国矿业、中国石油、福州、河海、华中师大、南京师大、华北电力、西北农林科技、对外经济贸易、西安电子科大、郑州
澳门院校排名
201-250 澳门
港校排名
3 港大
5 香港科大
6 香港中大
11 香港城市
27 香港理工
45 香港浸会
128 岭南