关于商鞅之死，其直接原因乃是与秦惠王的私人恩怨。
话说当年秦惠王还是秦国公子的时候，因触犯秦国法令而获罪。原本按照周朝礼法，礼不下庶人、刑不上大夫。秦惠王自然不算犯法，但变法之后的秦国，天子犯法与庶民同罪，即使你是国君之子也不可以。当然，毕竟是未来天子，上刑恐会伤其身体，实在不妥。于是商鞅便将其老师公子虔鼻子割掉，以代公子之过。
这虽然明面上是割的公子虔的鼻子，但事实上惩罚的是秦惠王，所以二人的梁子就此结下。秦惠王登基之后，对其报复倒也说得过去。
但，关于商鞅之死，这并不是主要原因。秦惠王之所以杀他，更多的是想给变法画上一个圆满的句号。
前人栽树，后人乘凉，商鞅之死其实是变法的延续。换句话说，商鞅变法，直到他死之前，都不能算是成功。因为商鞅变法之所以能够顺利进行，很大程度上是由于秦孝公的绝对支持，其将秦国内部的一系列反抗声音给压制得死死的。而秦孝公死后，商鞅没有了靠山，而那些守旧派又坐不住了。
他们对于商鞅可谓是恨之入骨。
当初商鞅变法中的许多内容就是针对秦国的旧贵族势力，比如明令军法奖励军功、废除世卿世禄制度 、建立二十等爵制等等。
这其中最重要的就是奖励军功，普通士兵可以凭借军功得到爵位封赏，这极大地鼓励了秦人参军的意愿，也培养了秦人的尚武精神。而世卿世禄制度被废除，意味着旧贵族不能世代继承祖辈的官职、爵位和封地。
很明显，商鞅变法刺激了新的军功贵族阶层诞生，却极大地损害了旧贵族阶层的利益。司马迁也说：“商君相秦十年，宗室贵族多怨望者。”
他们站出来反对商鞅，反对变法，秦惠王能怎么办？
他不是秦孝公啊，无论资历、还是实力，他都无法做到像父亲那样对守旧派做到绝对的压制。即位之初的秦惠王尚没有能力驾驭贵族集团与保守派的联手反攻，为保证秦国不乱，秦法不变，秦惠王只能牺牲商鞅。他如果继续支持商鞅，必然会引发秦国旧势力的对抗，甚至于开启秦国的又一次内乱。
所以商鞅必须死。
只要商鞅死了，守旧派们便没有了攻击的对象，更找不到理由来夺回曾经属于自己的权力，变法所取得的成果就不会被颠覆。
事实上，就变法的实际意义来讲，商鞅在秦孝公和秦惠王面前所扮演的角色是不同的。
首先对于秦孝公来说，当时秦国积弱，国家急需变革，他需要商鞅这样的人来帮助改变这个国家。正所谓“治乱世宜用重典”，商鞅制定法令来约束百姓贵族，并用“重轻罪”（既便犯很轻微的法，也要处以很重的刑罚）这样的作法来保证秩序。
在当时的秦国混乱的环境下，商鞅的重拳出击无疑是最好的办法，结果证明也确实如此。在商鞅的帮助下，秦国上下“以私下斗殴为耻，以为国家立下战功为荣”，屡败宿敌魏国的军队，秦孝公也得周显王册封，“孝公十九年，天子致伯。”秦孝公也兑现自己的承诺，在收复部分河西之地后，将于、商十五邑封给商鞅，这也是“商鞅”名字的由来。
但到了秦惠王时代，则完全不一样了。此时的秦国已经强大，各种法令秩序随着时间的流逝也已经深入人心。商鞅的强权高压政策其实并不是太适合这个时代。换句话说，此时秦国的国民“素质”已经提高到了不需要过多的制度来维持的地步。
商鞅对于秦惠王来说，不再具备变法的价值，他只是一个功臣。狡兔死，走狗烹，这个定律一般人都逃不掉。
“狡兔死，走狗烹”，不仅仅是因为走狗没了用处，也有可能是走狗被竞争下岗了，不再需要狗的协助，主人自己就能抓兔子。
于秦国而言，商鞅变法使秦国摆脱衰亡危机，迅速走上了发展的快车道，以至于最终能够一统天下，这其中作用最大的商鞅的法，而不是商鞅。
当法治建设到一定程度的时候，商鞅本人就只是作为一个变法功臣存在，以当时商鞅的年龄，也很难再为变法添砖加瓦了，这时候，商鞅之于秦国并非必需。
当然，商鞅还有其他的价值。
就历史而言，商鞅虽然是秦国的大功臣，但在当时的秦国，其实并没有多少人喜欢他。首先那些旧贵族们自然是讨厌商鞅的，毕竟自己的铁饭碗就是他给弄丢的。至于百姓们，虽然商鞅给他们打开了向上晋升的通道，让许多有能力的底层人民走上了历史的舞台。
但其严苛的法度也是秦国人的噩梦，在其“重轻罪”的思想下，秦国百姓们整天提心吊胆，生怕哪天一不小心被杀头。在许多人眼里，他就是一个酷吏。
秦惠王杀他，或许不是自己的想法，但绝对是秦国大多人的想法。更重要的是，杀了商鞅，还可以拉拢旧贵族，树立自己的威望。秦惠文王也是极为聪明有才的人，他杀商鞅是为了巩固自己地位，但他却没有废除商鞅变法。
所以商鞅死后，新法并未废除，为日后秦国统一六国奠定了基础。
李斯的《谏逐客书》曾写道：
“孝公用商鞅之法，移风易俗，民以殷盛，国以富强，百姓乐用，诸侯亲服。
然而这一切商鞅都看不到了。