擅自加层违反了《中华人民共和国城乡规划法》。
《中华人民共和国城乡规划法》
第六十四条 未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；
尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
第六十五条 在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
第六十六条 建设单位或者个人有下列行为之一的，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款：
（一）未经批准进行临时建设的；
（二）未按照批准内容进行临时建设的；
（三）临时建筑物、构筑物超过批准期限不拆除的。
第六十八条 城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
第六十九条 违反本法规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
扩展资料：
新农村建设中的农村规划
农村规划有着不同于城市规划的特点，只有因地制宜，突出特色，才能使农村规划得到科学的发展。
1、因地制宜------全国现有村庄320多万个，自然条件、经济发展、生活习俗等情况千差万别，东、中、西部地区有差别，同一个地区也有较大差别，村庄整治需要因地制宜，不断创新和完善。
立足已有条件开展村庄整治，凡是能用的或者经改造后能用的房屋和设施，都要加以充分利用。农民急需的是配套道路、供水、排水等设施，改变村容村貌。
2、量力而行------农村居民收入水平不高，政府财力有限，尽管中央已经和正在采取一系列措施逐步增加财政向“三农”的投入，但短期内不可能增加大量投入，新农村建设只能立足已有的基础，解决农村发展中急需解决的紧迫问题。
3、突出特色------改善农村人居环境的同时，要把是否能尽量保留原有房屋、原有风格、原有绿化，突出农村特色，作为一项基本要求。民族的就是世界的，农村若是失去其特色，只会变成一个个微型城市,很难吸引到适合的投资与寻求差异化的城市游客。
参考资料来源:百度百科-社会主义新农村建设
2、
第六十四条 未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
第六十五条 在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
第六十六条 建设单位或者个人有下列行为之一的，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款：
（一）未经批准进行临时建设的；
（二）未按照批准内容进行临时建设的；
（三）临时建筑物、构筑物超过批准期限不拆除的。
第六十七条 建设单位未在建设工程竣工验收后六个月内向城乡规划主管部门报送有关竣工验收资料的，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期补报；逾期不补报的，处一万元以上五万元以下的罚款。
第六十八条 城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
第六十九条 违反本法规定，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
加层需要申请，步骤如下：
一、建房户向户口所在地村民委员会提出建房书面申请；
二、不需要申请建设用地的房屋加层、翻修和建造围墙等的，建房户凭房地部门用地批复和建筑施工图向镇人民政府提出建设工程规划许可申请，并填报《崇明县农村个人住房建设规划许可证申请表》；
三、镇人民政府根据用地批复、建筑施工图核定建房面积、建筑面积、层数、层高、标高、房屋四址，在《崇明县农村个人住房建设规划许可证申请表》上签署意见；
四、经同意后，核发《崇明县农村个人住房建设工程规划许可证》；
五、经规划许可后，建房户在开工前七日内向审批部门提出开工书面申请；
六、镇人民政府根据书面申请和《崇明县农村个人住房建设工程规划许可证》办理《建设工程项目表》；
七、同意开工后，镇人民政府派员进行专线复验，并填写《崇明县农村个人住房建设工程灰线复验记录》；
八、建房户按农村个人住房建设用地批准文件和《崇明县农村个人住房建设工程规划许可证》规定的宅基地面积、建房战地面积、建筑面积、房屋的位置以及层数、高度等进行施工；
十、住房竣工后向镇人民政府提出竣工验收申请；
九、镇村建办派员进行竣工验收，填报《崇明县农村个人住房建设工程竣工规划验收送审表》，并签署意见；
十一、经规划验收合格，向建房户发放《崇明县农村个人住房建设工程竣工规划验收合格证明》。