不冲突。新农村合作医疗是卫生部管理的，参保对象是农村人口，单位缴交的五险一金中的基本医疗医疗保险与之相对应，但单位缴交的基本医疗保险是各地社保或医保部门管理的，参保对象是城镇职工。
如果同时参保，当你生病就医发生医疗费用时，只能享受城镇职工医疗保险待遇，由基本医疗保险基金按规定支付医疗费用，不能同时享受新农村合作医疗待遇。
五险一金中的医疗保险就是我们通常说的医保卡的医保。在生病后可以凭借医保卡进行就医报销，报销范围为医保目录内的疾病，基本涵盖了常见的病种。具体的报销比例根据各地的政策不同报销比例也不同，公费医疗是为保障国家工作人员而实行的。
通过医疗卫生部门按规定向享受人员提供免费医疗及预防服务的一项社保制度。和社保报销是完全不同的，社保报销是从统筹基金账户里进行报销的。
以郑州为例，根据《郑州市职工基本医疗保险办法》第二十九条 超过起付标准、不超过最高支付限额的符合规定的住院医疗费用，统筹基金按照下列比例支付：
（一）在职职工住院的，统筹基金支付比例分别为：社区卫生服务机构95%，一类医疗机构95%，二类医疗机构90%，三类医疗机构88%；
（二）退休人员住院的，统筹基金支付比例分别为：社区卫生服务机构97%，一类医疗机构97%，二类医疗机构95%，三类医疗机构93%。
统筹基金最高支付限额年度累计为15万元。统筹基金自然年度内累计支付达到最高支付限额后，超出部分的医疗费用由职工商业补充医疗保险予以支付，具体办法按现行规定执行。
扩展资料：
五险一金中的医疗保险的局限性：
1、医疗保险报销严格：
整容、减肥、增高、近视矫正、不孕不育、性功能障碍、精神疾病，以上这些医疗费用，医保是不管的。此外，如果不幸出了交通事故，或被歹徒伤害，这些都不在医保范围内。
2、社保用药很严格：
国家对医保的用药范围有明确的规定，
社保医药报销目录：
甲类药品：全部计入报销范围（药效一般，但是费用低）
乙类药品：90%计入报销范围（药效较好，费用稍高）
丙类药品：不计入报销范围（药效极好，费用较高）
如果得了癌症，很多对于治疗特别有效的进口药物是不在社保范围内的，也就是说癌症治疗的大部分费用社保是不报销的。
参考资料来源：百度百科-五险一金 （保险名词）
参考资料来源：百度百科-城镇居民医疗保险
还有就城镇居民医疗保险险和社保的限额也是不一样的，职工医疗保险按月缴费，参保人根据自己缴费基数的2%缴纳个人应缴费金额(公司每月代扣代缴)，城镇居民医疗保险年缴费200元左右，一次性缴纳。前者缴费金额远高于后者，但是其个人缴费部分全部进入了个人医保卡作为门诊之用，同时其公司缴费部分也会有一部分进入个人医保卡的。