1989年，捷克斯洛伐克共产党党代表大会决议在捷克地区设立单独的共产党。1990年3月31日，捷克和摩拉维亚共产党正式成立。
1990年10月13、14日，捷克和摩拉维亚共产党代表大会在捷克的奥洛摩茨举行。大会通过党纲，以及选举斯沃博达为党主席。
1990年11月28日，捷克和摩拉维亚共产党正式在捷克内政部登记。
1992年12月12、13号，在克拉德诺举行的党代表大会中，一个不同于奥洛摩茨大会的党纲被通过，尝试在新条件下表达新的共产主义方向。
1992年，该党分裂出许多政党，其中包括“民主左翼党”与“左翼集团”。之后这两党再合并为民主社会主义党（Strana demokratického socialismu），与捷克和摩拉维亚共产党进行多次合作。同年该党举行党员公决，决议不更改党名，是东欧国家剧变之后，从执政党的位置上走下来，而唯一没有从名称中去除“共产党”概念的一支。
部分党员离开另外成立“捷克斯洛伐克共产党人党”（Party of Czechoslovak Communists，之后更名为捷克斯洛伐克共产党）。然而，捷克和摩拉维亚共产党拒绝与该党合作。
2002年捷克大选，该党获得18.5%的选票，以41席成为国会第三大党。
2004年6月，该党在2004年欧洲议会选举中成为第二大党，拿下24席次中的6个席次。
2006年捷克大选，该党得票率12.8%，远远落后捷克社会民主党，席次滑落至26席。
在经历与内政部的长期抗战后，2008年该党的青年组织－社会主义青年联盟被迫解散，引起国际间的不满。[
2008年11月，捷克参议院表示捷克和摩拉维亚共产党的党纲与《捷克宪法》抵触，要求捷克最高法院解散该党。38位出席的参议员中有30位同意，表示该党党纲未否认将暴力当做夺取权力的手段，并且采纳《共产党宣言》的主张。 ，捷摩共主席表示会到法院上诉。
2009年欧洲议会选举，共产党拿下14.18%的得票率，在22席中拿下4席。
2010年捷克大选，该党维持捷克众议院26个议席 ，参议院为2席，欧洲议会为4席。
据捷克华人媒体《布拉格时报》2012年4月25日转载，捷摩共支持率超过捷克公民党,成为了国内最受民众信任和支持的第二大党派。
