通常认为，1346年，在蒙古军队进攻黑海港口城市卡法（又译克法，现
乌克兰城市费奥多西亚）时，用抛石机将患鼠疫而死的人的尸体抛进城内，这是人类历史上第一次细菌战。鼠疫原产中亚，其携带者是土拨鼠。1348年，一种被称为瘟疫的流行病开始在欧洲各地扩散。该病从中国沿着商队贸易路线传到中东，然后由船舶带到欧洲。（据我国有关资料记载：14世纪，鼠疫大流行，当时被称为“黑死病”，流行于整个亚洲、欧洲和非洲北部，中国也有流行。在欧洲，黑死病猖獗了3个世纪，夺去了2500万余人的生命。——译注）
早在14世纪的鼠疫大流行中，山西北部的大同就可能是疫区的一
部分。这和大同当时地处或邻近
乌兰察布鄂尔多斯鼠疫自然疫源地有
关。万历年间山西鼠疫的爆发也似乎是从大同地区开始的，万历八年
（1580年），“大同瘟疫大作，十室九病，传染者接踵而亡，数口之
家，一染此疫，十有一二甚至阖门不起者”。从该疫的传染性极强这
一点判断，可能为鼠疫。同年，大同府的疫情开始向山西南部传播。
在太原府（治今太原）的太谷县、忻州、苛岚州及保德州都有大疫的
记载。次年，疫情传至辽州（治今
左权），再传至潞安府（治今长治），
疫情进一步扩大。万历《山西通忘》卷26记载，潞安“是岁大疫，肿
项善染，病者不敢问，死者不敢吊”。患者的临床表现为肿项，且传
染性极强，据此可断定为腺鼠疫。
腺鼠疫临床上的一个显著特征为淋巴结肿痛，肿痛部位包括鼠蹊
腺、腋腺、颈腺等，尽管头部或颈部的淋巴腺肿大在腺鼠疫引起的淋
巴肿大中所占比例不大，但因其外露而特别引人注目。文献中也常以
这一特征加以重点描述，康熙
《文水县志》卷1《祥异》就说：“万历
八年庚辰、九年辛已，大疫。从咽喉发瘟肿，至有一家毙绝无遗者。”
康熙《沁州志》卷1《灾祥》也指出：“万历十年，天疫流行，俗名大
头风，有一家全没者”。所谓“大头风”，是腺鼠疫患者颈部或耳后
淋巴肿大的别称。19世纪云南鼠疫流行时，当地有称此疫为“大头天
行症”的，这和山西“大头风”的含义是相同的。
万历十年大同鼠疫传到与之相邻的河北宣府（治今宣化）地区，
这里是军卫密集的军事重镇。疫情发生时，“人肿颈，一二日即死，
名大头瘟。起自西城，秋至本城，巷染户绝。冬传至北京，明年传南
方。”患者的临床表现也是肿颈，与山西相同。此疫不仅造成怀来卫
城中的人口大量死亡，并且传入北京，继续向南方传播。
万历初年的北京城中人口密集，常住人口（包括军人）达百万以
上，鼠疫造成的危害应甚于农村地区，只是具体的流行情况还不清楚。
至于北京周围地区，直到清末
光绪年间当地人仍然能够回忆：“万历
十年四月，京师疫。通州、东安亦疫。霸州、文安、大城、保定患大
头瘟症死者枕藉，苦传染，虽至亲不敢问吊。”“大头瘟症”就是颈
项肿大。在
《古今图书集成》等书中，顺天府的东安、保定、霸州、
文安和大城等县，都流行过“大头肿脖”、“大头瘟”之类的疫情。
在疫区，死亡人口约占总人口的40％，如真定府（治今正定）新
乐县，“万历十年春夏大头瘟疫，民死者十分之四”，武强、栾城二
县的记载相同。另外，来自各地方志的资料表明，鼠疫还传播到了山
东及河南北部等地区。