左右眼的能力是不同的。
已知万花筒写轮眼能力如下——
宇智波鼬:左眼月读，右眼天照
宇智波佐助:左眼天照，右眼加具土命
宇智波带土:左眼将物体送入异空间，可远距离实现；右眼将接触到的物体送入异空间和虚化（虚化是不完全进入异空间，只能维持五分钟），双眼可互相制约，但能力不尽相同。
宇智波止水:左眼别天神（永久生效，冷却时间达十几年），右眼别天神（短时间有效，参见三船后来明白了，在柱间细胞配合下冷却时间很短），左右眼别天神能力不尽相同。
写轮眼是有血迹限制的、带土是真正的拥有者、所以可以用虚化、把写轮眼的功力发挥最大、卡卡西并不是宇智波一族的、凭着自己的天赋能开出万花筒写轮眼已经很不错了！所以只能用到空间忍术最潜的城次。至于佐助嘛、无关左右眼、两次眼同时存在的威力、加上自己的天赋才是最牛的。
万花筒写轮眼是宇智波一族的血继限界，写轮眼的升级模式，只有宇智波经受了巨大的负面情感（如亲眼目睹深爱之人的死亡），脑部产生特殊的查克拉才能开启。万花筒写轮眼不但会使原本写轮眼的能力得到极大的强化，且其中还会带有强大的独有之术，术会符合使用者擅长的领域。
外观上，一般的写轮眼是三个分开的勾玉，而万花筒写轮眼会使勾玉连接在一起，呈现出刀刃般的形态，且每人有各种不同的形态。万花筒写轮眼强大的背后伴随着巨大风险。不但瞳术都有着不同程度的副作用，而且每次使用都会导致视力受损。使用次数越多，失明的那一天就来得越快，只有融合成永恒万花筒写轮眼或者拥有初代火影细胞才能避免这种结果。
万花筒写轮眼会根据开眼者的不同，而产生不同的能力，兄弟血亲之间偶尔会出现能力相近的情况，而能开眼至须佐能乎的万花筒写轮眼则十分的稀少（阿飞在五影大会中所述，根据佐助所言，使用须佐能乎的条件是拥有一对万花筒写轮眼，所以带土使用不了须佐能乎）。同一人左右眼的能力也有区别，但是一般来说能力上会相辅相成。
宇智波鼬：左眼月读（最强的精神攻击型幻术 ，能够自由支配幻术空间的时间和质量 ），右眼天照（最高级火遁忍术，永不熄灭的黑炎），双眼须佐能乎（拥有攻击和封印的十拳剑，防御和反弹的八尺镜以及远距离攻击八坂勾玉，在《究极风暴4》中可以开启完全体）。
宇智波佐助：左眼天照（最高级火遁忍术），右眼加具土命（控制黑炎形态变化），双眼须佐能乎（能够使用弓箭和黑炎，拥有极快的攻击速度，并且能开启完全体，吸收尾兽查克拉后可进一步进化，最强招式为“因陀罗之矢”）。
旗木卡卡西：左眼神威（时空间忍术，远程传送目标进时空间），双眼神威（能够使用双眼神威所有能力并且使自己的攻击具有时空间性质），双眼须佐能乎（带土查克拉附身加上六道之力加持开启完全体，能够使用神威手里剑）。
宇智波止水：别天神（最强幻术，能将人的感知及态度甚至思想完全支配，类似精神控制，被支配者毫无察觉），双眼须佐能乎（于火影忍者官方游戏究极风暴变革中首次出现，武器为螺旋剑，能够打开胸甲发射查克拉箭矢 ，在《究极风暴4》中可以开启完全体）。
宇智波斑：能力不明，能看穿影分身和木遁分身，制造幻术空间，双眼须佐能乎（双手拿剑，可远程抛出多个勾玉，能开启完全体）。
宇智波带土：右眼神威（时空间忍术，近距离传送目标进时空间，也可让自己穿透攻击），双眼神威（可以进入别人的时空间，但需要消耗更多查克拉）。
宇智波泉奈：能力不明，重伤濒死时将眼睛移植给了宇智波斑，斑因此双眼变化成了永恒万花筒写轮眼。
宇智波信：控制武器，需要提前在武器上进行标记，可以自由控制武器的移动。
宇智波富岳：第三次忍界大战中开启，具体不详。
大筒木羽衣：TV原创，能使用完成体须佐能乎，具体不详。
大筒木因陀罗：能使用完成体须佐能乎，具体不详。
规律：万花筒写轮眼的瞳术会符合其拥有者擅长的领域，例如止水擅长幻术，于是开眼后便有了最强幻术别天神；鼬擅长幻术和火遁忍术，开眼后便有了月读和天照；佐助擅长忍术的各种形态变化（参考他对千鸟系列的多种改进），于是便觉醒了加具土命。
