法律分析：主要有以下区别：
1、土地来源区别。拆迁自建房屋的土地来源是划拨或低价出让，而商品房开发商取得土地是通过出让方式。
2、产权区别。很多自建房是不具备完全产权的，具有完全的房屋所有权，但不一定具备完全的土地使用权。而商品房是具备完全产权，完全的房屋所有权和完全的土地使用权。
3、质量区别。自建房往往建设利润有限，因此，自建房的建设一般不如商品房。
4、交易时间上的限制。不少自建房都有交易时间上的限制，也就是规定在几年内不得上市销售。商品房没有这方面的规定。
5、交易限制的区别。因为其安置对象是特定的动迁安置户，该类房屋的买卖除受法律、法规的规范之外，还受到当地政府相关地方政策的约束。
法律依据：《中华人民共和国房地产管理法》 第六十一条 以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方人民政府土地管理部门申请登记，经县级以上地方人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府颁发土地使用权证书。 在依法取得的房地产开发用地上建成房屋的，应当凭土地使用权证书向县级以上地方人民政府房产管理部门申请登记，由县级以上地方人民政府房产管理部门核实并颁发房屋所有权证书。 房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。 法律另有规定的，依照有关律的规定办理。