南方科技大学有研究生招生,有6个一级学科硕士学位授权点,1个工程硕士专业学位授权点。
南方科技大学研究生院由副校长汤涛任院长。学校将通过与北京大学、哈尔滨工业大学、香港大学、香港浸会大学、香港科技大学、美国天普大学、澳门大学的合作,从2015年开始解决招收研究生的问题。
按照计划,每年将招收1000名本科生,未来将每年招收1000名研究生,教员总人数达到800人,在校学生8000人。加上其他的研究专家、助理等,未来学校总规模在1.2万人左右。国际化将是南科大的一大特色,留学生、外籍非华裔教师比例有望达到20%。
2015年9月,首批南科大与澳门大学联合培养的研究生入学。