当然有一定的关系，因为农村的土地使用权，只有农业户口的人才有使用权，而土地确权，就是确定的农村土地使用权，没有土地使用权的人，自然没有资格参与农村土地确权。但是，农村的土地，又分好为生产性土地和非生产性土地，比如宅基地就是非生产性用地，宅基地的使用权受房屋继承影响，非农业户口也有可能取得宅基地使用权。
例如两口子结婚二十多年，户口没在一起，以晏子的理解，潜台词是，有一人的户口是非农业户口，没有落在农村。对于农村承包田的确权，确定的是土地承包权，两口子结婚二十多年户口没在一起，肯定是有一人并没有取得农村土地的承包权。而这次土地确定，是确定上轮土地的承包权，并没有对土地重新进行承包，两口家户口没在村里的一方，不管是否为非农业人口，都没有取得村里土地承包权，自然不在确权范围之内。从这个角度讲，非农业人口不应该参与农村土地确权。
但是，如果非农业人口当初在农村承包了土地，只是在土地承包期内将户口迁入了城市，成为非农业人口，只要承包的土地没有退出，按现在国家政策规定，农村不应该收回其土地承包权，应该允许其耕种到承包期结束。这种情况下，即使户口已经成为非农业人口（现在称为城镇人口），也不影响其农村承包田的确权。
我们可以分析，题主有可能说的是农村宅基地的确权，未必是指土地承包权的确权。从农村宅基地来说，只有农村集体经济组织以内的人有权申请使用，但宅基地是和房屋捆在一起的，总不能因为户口不在农村了，就让房主拆除农村的房屋，所以宅基地使用政策还有一条地随房走的基本政策，只要合法拥有了农村的房屋，也就合法拥有了农村宅基地的使用权。
所以，农村土地确权，不管是耕地确权还是宅基地确权，实际上和户口性质是有一定的关系的，农村集体经济以内的成员，自然确权时没有什么麻烦，不受任何影响。但是非农业人口一般不能确定农村耕地承包权，合法拥有的宅基地使用权期限也受到限制。