1683年，清政府统一台湾后，在台湾本土内正式设立台湾府，下辖台湾、凤山、诸罗三县。台湾府隶属于福建省管辖，后改为2府8县4厅。清政府对台湾地区已经建立了完整的统治机构、制度，进行有效管理。 西方殖民者东侵以来，美国、日本、法国等列强先后在台湾进行军事挑衅，加剧了中国边疆领土危机。在这种情况下，清政府上层在如何治理台湾的态度和方式开始出现变化，由“防内变为主”改为“防御外侵为主”，清朝督办南洋海防事务的福建船政大臣、后任钦差大臣的沈葆桢、福建巡抚丁日昌等人，把台湾称为“七省藩篱”、“南北洋关键”、“中国第一门户”，一再反复强调台湾地位的重要性。他们还多次上奏折，建议在台湾设立行省，以加强吏政，有效管理孤悬海外的台澎地区，巩固海防。 在台湾设省的建议在当时的边疆危机下，有了实现的可能。这一建议最早是丁日昌在1874年间提出来的。第二年11月沈葆桢提出，在闽浙总督名下设立“福建巡抚”，“冬春驻台湾，夏秋驻福州”。1876年春新任巡抚丁日昌无法按期驻台湾，奏请朝廷另派重臣常驻台湾，改设“台湾巡抚”，这样实行3年的“冬春驻台”改为台湾单设巡抚。
直到1884年6月，清朝才派出直隶提督刘铭传加封巡抚衔，督办台湾政务和防务。不管影视作品把他说成什么样子，刘铭传确实是一个有作有为的官员。 刘铭传到任不久，正逢中法战争爆发，从总体上看军事上没有失败的中国，在政治上再次惨败，面对危机，加强台湾防务尤为必要。闽浙总督杨昌浚、钦差大臣督办福建军务左宗棠，于7月再次上书，要求在福建台湾两地“巡抚分驻”、“建省分治”。光绪11年（1885年）10月12日，垂帘听政的慈禧太后，在下旨创建海军的同时，下旨同意诏请左宗棠的奏请，福建政务由闽浙总督兼管，将福建巡抚改为台湾巡抚，正式下诏在台湾建省。到1888年正式实现闽台分治，台湾单独设省，由原来的2府8县4厅增为3府11县4厅1直隶州，后又增设南雅厅。首任福建台湾巡抚为刘铭传。正是这位巡抚，打开了台湾的近代经济发展之门。
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