（1）布置钻孔时要考虑水文地质钻探的主要任务和勘探阶段。例如布置钻孔是为了查明区域水文地质条件，还是确定含水层水文地质参数、寻找基岩富水带，是进行地下水资源评价，还是地下水动态观测等，主要任务不同，钻孔布置必然有所区别。调查阶段不同，钻孔布置方案也不尽相同。
（2）钻孔的布置要考虑其代表性和控制意义。钻孔布设前应充分收集现有地质、水文地质等有关资料，在掌握水文地质情况的基础上布设钻孔，把勘探重点放在未查清的地段或重点地区。
（3）水文地质钻孔一般都应布置成勘探线的形式，且主要勘探线应沿着区域水文地质条件（含水层类型、岩性结构、埋藏条件、富水性、水化学特征等）变化最大的方向布置。勘探线上的钻孔应控制不同的地貌单元、不同的含水层（组）、不同的富水区段和边界条件，同时也要照顾到钻孔在勘探线上所起的距离控制作用。对区内每个主要含水层的补给、径流、排泄和水量、水质不同的地段均均应有勘探孔控制。当地质、水文地质条件方向性不明显或水文地质条件不很清楚时，可采用勘探网的形式布孔。对某些必须解决的特殊问题，在勘探线上又控制不住的地方，可个别布孔。
为查明区域水文地质条件的钻孔，一般应点线结合，深浅结合，先疏后密。还应确定基本的控制孔。
（4）依据拟采用的地下水量计算方法布设钻孔。如为地下水资源评价布置的勘探孔，其布置方案必须考虑拟采用的地下水资源评价方法，勘探孔所提供的资料应满足建立正确的水文地质概念模型，进行含水层水文地质参数分区和控制地下水流场变化特征的要求。又如，当水源地主要依靠地下水的侧向径流补给时，主要勘探线必须沿着流量计算断面布置，对于傍河取水水源地，为计算河流侧向补给量，必须布置平行与垂直河流的勘探线。当采用数值法计算评价地下水资源时，为正确地进行水文地质参数分区，正确给出预报时段的边界水位或流量值，勘探孔一般呈网状形式布置，并能控制住边界上的水位或流量变化。
（5）布置钻孔时要考虑以探为主，一孔多用。如既是水文地质勘探孔，又可保留作为地下水动态观测孔，或作为开采井等。