一)土地流转的程序、内容、行为等不规范
一是土地流转程序不很规范。个别农户之间只有口头约定，未依据法律程序办理规范的流转手续，订立必要的流转合同，以至于在流转过程中产生较多矛盾，比如土地租赁关系不明确、土地使用关系混乱等。二是土地流转仍具有较大难度，对土地进行长期承包仍较为困难。农民普遍重视对自有土地的保留，尤其是近几年国家出台的一系列支农惠农政策，加大了对种地农民的扶持力度，农民即使不精耕细作也可以有所收益，导致了实施土地流转的难度进一步加大。部分农民有“恋田”情结，土地仍是其生存的命根子，不愿对其土地进行流转，出现了“惜转”现象。三是土地流转价格不断上涨，土地承包期限较短且不稳定。大部分土地承包合同的时间为1－3年或3－5年(含口头约定)，由于承包期短承包户很难进行长期种养殖计划，承包户很多人不愿意购买大型农业机械、进行农业基础设施的整修，而粮食生产中的大型农业机械购置农业基础设施的改造、农田土壤结构的改良等都需要进行长期投资，这影响了农业的可持续发展。四是承包地块分散。承包户种植的承包田来源于多个农户，协调整合难度较大，地块很难集中连片，不方便进行管理和机械化操作，进而又增加了承包户的生产经营成本，使农业承包经营收益减少，影响了承包户发展农业生产的积极性。
(二)土地流转的市场机制、监管机制尚不完善
目前，我国土地流转的市场机制尚不健全，流转的市场也尚未形成。大部分地区土地流转信息体系尚未建立起来，土地流转双方信息有效对接机制也未形成。土地流转的显示大厅尚未建立，相关的工作人员配备不全。部分地区为了完成流转指标，重复申报流转面积的现象存在，例如将修路、建厂面积等非农业用地都统计为流转面积。流转过程中，乡镇村级政府组织在协调引导、土地调剂、矛盾处理、监督管理方面，没有发挥好应有的作用，强制、强迫地进行土地流转的现象存在。
(三)土地流转中的承包经营户文化素质偏低
农户文化程度的高低对农村土地流转有着重要影响，文化程度越高，吸收和掌握新技术的能力越强。相当一部分土地承包户文化素质不高:以初中、高中文化为主，年龄大多在40－60岁之间。年龄老化，知识老化，制约个人经营能力。许多承包户对于新品种、新技术、新装备缺乏必要的认识和了解，技术接受能力和经营能力不高，重生产、轻营销，重产量、轻品质，开拓创新的精神和能力明显不足。农业科技是实现农业梦最重要推动力量，承包经营户文化素质低，不利于农业现代化的实现。
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