目前，我国博士教育的经费主要包括生活补助、科研经费、奖学金、培训拨款、研究拨款、出国访问、教育基金等部分，但数量上严重不足。
第一，博士生生活补助水平较低。学位制度建立之初，国家对博士生补助非常重视，博士生的补助水平相当于当时的五级工资标准，与当时生活水平、工资标准比较，相对较高。中科院教授王铮回忆说：“1989年我作为博士研究生收入是91元，这比一般人高，他们是每月78元。”但是，自20世纪90年代开始，随着市场经济的逐步建立和分配体制的改革，人民的收入水平和生活水平快速提高，而博士生资助标准变化不大，博士生补助水平与工资水平的距离逐渐拉开。据中国统计年鉴的相关数据，2006年城镇居民家庭中等偏下户的平均每人全年消费性支出为6108.33元，而目前博士生补助水平大约为每人每年6000元，可见，博士生补助水平非常低，只能勉强满足基本生活需要。中国学位与研究生教育发展报告课题组（2006年）对博士研究生的经济收入和开支情况调查显示，大部分博士生支出高于收入，熟悉博士生生活状况的博士生导师也认为，博士生中经济困难者占有较大比例。
第二，科研经费严重不足。我国高校博士生资助经费主要来源于国家下拨的奖学金经费（主要是普通奖学金的方式），因此，目前积极推动的以科研资助为主的资助体系的资助力度不大，资助金额有限。“一方面，由于导师科研经费数量不足，博士生从这一渠道获得的科研资助比较少；另一方面，我国研究型大学为博士生设立的助研、助教、助管岗位普遍不足，加上我国很多大学的财务制度中缺乏明确规定，或者资助标准较低。因此，尽管几乎所有博士生都参与导师的科研课题研究，但并不是都能拿到助研工资，能够从助教、助管岗位拿到稳定工资收入的博士生为数也很少。”（摘自教育部原部长周济的讲话）奖学金方面，不少高校的奖学金已经失去了其奖学功能和对学生学习的激励作用，变味为助学金，几乎人人有份。这种资助结构体系没能体现资助的初衷，也难以发挥各种资助方式的作用。
第三，从资助结构来看，文科博士生资助状况令人担忧。通过对大连五所大学的历史、金融、社会、经济、会计五大院系全日制博士生收入调查发现，各学校基本上每月发放国家补助的350元和学校补助的240元。科研经费方面，历史系博士生的科研经费几乎没有，金融学和会计学专业学生平均每月能拿到200元左右。相比之下，理工科的科研经费要高很多，基本上每月都能拿到1000元以上的科研经费。这在一定程度上反映出现行体制下不同专业的博士生经济资助水平差别较大，文科博士生的资助状况更令人担忧。
第四，国家留学基金委员会每年都会公派一部分博士生进行出国访问，国家负担全部的费用，可是名额极其有限，只有极个别的博士生能够获得这个资格，资助可谓是微不足道了。
教育科研能力不足，与实际相差甚远
科研经费的严重不足，直接导致教育科研能力下降。理工科的科研经费要导师自己解决，这种状况导致了“教授像商人”现象的蔓延。在发达国家这种状况有所不同，教授有国家拨款的教育经费支持，如果教授能够做出成果，进行成果转化，将得到更多经费的支持。
博士生导师一般一年带2～3名博士生，主要任务是跟其做课题。一般来说，社科类的课题项目比较少，文科类博士生几乎没有课题可做，从而无法锻炼博士生的动手能力和写作能力。全国政协委员、安徽大学副校长韦穗表示，由于科研项目数量有限，不少博士生从事的科研方向并不是学科前沿的研究工作，有的则长时间局限在一些低水平横向开发项目上。好不容易申请下来一个科研项目，由于经费的限制，相关的研究只能是闭门造车，没有实际的调研支持，导致科研成果不符合实际状况，重复建设现象严重，导师和博士生花费大量时间研究出来的成果只能束之高阁，毫无用武之地。 博士培养评价机制不符合教育规律，如各高校普遍存在的强制发表论文制度，除学位论文外，必须在所谓核心期刊上发表数篇论文。将论文数量作为惟一的考核指标，导致的直接后果就是大家都在凑够要求的数量，论文抄袭现象屡见不鲜，虚假论文遍地飞，粗制滥造现象严重。
新形势下博士生教育体制改革的政策建议明确博士生的定位，还原大学的学术价值
国家、社会对博士人才的要求是什么？教育学者熊丙奇指出，今天国内的博士教育，其首要功能不是培养学术人才，而是满足社会对“具有博士学位人才”的需要，就是对“博士头衔”的畸形需要，这导致博士教育规模迅速扩大，而质量急剧下滑。因此，当前最需要解决的问题，是让博士教育只保留“不起眼”的学术功能，从根本上把大学“还原”为教育机构、学术机构，只追求教育价值和学术价值。根据学科性质，博士生教育应该是“象牙塔”里的科研学术训练，而不是大众教育。我们必须明确博士研究生教育的培养目标，博士生教育应以培养学术性人才为主，重视理论性、基础性学科的人才培养，而不是应用型人才的培养。因此，博士生教育与硕士生教育的学科结构应该具有一定的差异性。目前我们所授予的硕士学位与博士学位，二者的学科结构很接近。这种结构雷同，一方面说明了博士生教育要以硕士研究生教育为基础，但从另一方面来说，也没有真正体现博士生培养目标与硕士生培养目标的不同。博士的就业领域应该以研究和教学为主，美国70%以上的博士毕业后从事科研和教学工作，2006年我国博士生毕业后从事教学与科研工作人数的比例仅为46%。该比例的下降说明更多博士进入其他领域就业，这与博士培养初衷有所偏离，也从另外一个角度说明我国博士增长速度较快和结构的不合理。按照“研究者”来定位博士生，那么博士生就应该获得相应的工资，就应该具有“指导教师的科研合作伙伴”的地位。如此，他们在经济上就能够自主，在科研上就可以独立进行研究课题的规划和设计，在研究的道路上就能够更自由地进行探索，博士生创新的限制性因素就可以大大降低。
加大博士教育的投入，多元化投入来源
中国有句俗语“重赏之下，必有勇夫”，政府应设立面向博士研究生的奖助学金，包括学费和生活费两部分，大幅增加国家对博士生教育的拨款额度。国家作为博士生教育的主要受益方，应担当主要资助责任。在资助对象上，政府应给予基础研究和人文社会学科更多的政策倾斜，以扶持这些学科的发展。
现在国家资助的科研课题一般只有资料费、设备费等，而没有“科研人员工资”的财政预算。目前，我国高校博士研究生“三助”岗位的津贴主要由学校筹集资金予以解决，高校财力的有限决定了岗位工资都不高，一般是每人每月300元左右。各学校奖励资助增加部分，主要是由学校和导师共同出资，其中，学校承担绝大部分，导师从其科研经费中抽出部分给予补充，但各个高校能筹措到的经费毕竟有限，其效果如何也就可想而知了。因此，应改变我国目前博士研究生“三助”报酬偏低的状况，推进科研拨款体制改革。政府资助的研究课题应设立“人头费”项目，并建立相关制度来规定劳动报酬在整个科研经费中的合适比例，使为博士生的科研支付劳动报酬有章可循。 采取有效措施，提高博士论文的质量。以课题为依托，考核博士生的方法掌握情况。博士论文的研究和写作，是训练博士生独立学习，以及从事研究工作所需要的逻辑思维能力与严谨求实作风的手段。博士论文的题目选定、框架及实验设计、资料收集与处理等阶段，都是训练博士生独立进行科学研究的重要环节。
将学术训练作为评价博士生的主要标准，改变现有的以论文数量为指标的标准。针对“学术不端行为”进行严厉的惩罚，并且导师应该负有主要的责任。实施博士论文答辩的匿名评审制度，规定每一位博士生答辩必须要求有若干位相关领域的外校博士生导师参加现场的答辩会，并提出相关的前沿问题。将硬性的论文数量转变为软性的相关专业人士的现场答辩，把论文答辩作为评价其是否能够毕业的主要标准。
重视产业部门的博士生培养能力
长期以来，我国产业界的博士生培养能力一直为人们所忽视。我国的大型国有企业不乏一些高水平的科技和管理人才，他们不仅拥有较雄厚的本学科知识，而且也有丰富的实践经验，有较强的研究、开发和利用先进技术和设备的能力，这是一笔潜力巨大而且条件优越的教育资源。这些企业如果采取与高校、科研部门联合，或者为其单独设立学位授予点的方式，不仅可以为我国研究生规模的扩大开辟一条有效的渠道，而且也有利于缓解我国应用型高层次人才不足的问题。更为重要的是，可以充分发挥我国产业界对专业型博士的培养能力，通过博士生的培养来增强企业的“造血”功能。当今许多发达国家，如英国的企业与大学联合培养研究生，美国广泛开展的“合作”教育或称工业与大学的联合体，以及日本的向社会聘任导师等做法，都为我们提供了许多很好的范例。
