清朝皇帝是被杀死的有：一个是雍正 ，一个是光绪 。
雍正被吕四娘砍了头死的雍正时期一个叫吕留良的人在文字狱中遭到了严厉的惩处。但是传说他的女儿，一说是孙女，吕四娘漏网了，她拜师学艺，武艺高强。
后来想法乔装打扮混到了皇宫里面，寻找机会，把雍正的头砍下来，替她父亲/爷爷报了仇。这个传说很生动，雍正没有头怎么发丧，传说做一个金头给搁上，这样就埋在了雍正的泰陵。
很多专家研究之后，认为雍正是被吕四娘杀了，这种可能性不大，因为当时在这满门抄斩的时候是非常严格的，吕留良的女儿不可能逃跑，退一步说，即使是跑了，也不可能混到皇宫，即使混到皇宫，也没有机会把雍正给杀了。
光绪帝是被慈禧太后 害死的 。
由国家清史编纂委员会主任戴逸教授等13位专家联合撰写的《清光绪帝死因研究工作报告》称，根据相关研究，常人口服砒霜60至200毫克就会中毒身亡。
光绪帝摄入体内的砒霜总量明显大于致死量。其胃腹部衣物上的砷是其含毒尸体腐败后直接侵蚀遗留所致，而其衣领部位及头发上的大量砷，则由其腐败尸体溢流侵蚀所致。
扩展资料：
光绪帝坟墓(清西陵的崇陵)曾被打开，后来清理封闭，留下若干头发、遗骨和衣服等保存在外。为解开“光绪之死”，这一历史迷案。
从2003年开始， 中央电视台、中国原子能科学研究院、北京市公安局法医检验鉴定中心、清西陵文物管理处等单位的领导和专家组成“清光绪帝死因”专项研究课题组。
运用先进的技术手段，使用精密的科学仪器，对光绪帝的头发、遗骨以及衣服和墓内外环境样品等进行了反复检验和缜密研究，时间长达五年之久。
由于崇陵已重新封闭，不可再开棺检验，且年代已久、检材不足，研究工作困难巨大。专家们运用侦察破案的思维方式。
按照法医工作规范，充分利用“中子活化”、“X射线荧光分析”、“原子荧光光度”、“液相色谱／原子吸收联用“等一系列现代专业技术研究手段，通过开展对比、模拟实验进行双向推理、多维论证等工作。
对光绪头发、衣服、遗骨等进行检测和研究，发现其胃腹部衣物上的砷是其含毒尸体腐败后直接侵蚀遗留所致，而其衣领部位及头发上的大量砷，则由其含毒腐败尸体溢流侵蚀所致，并最终得出结论：“光绪帝系砒霜中毒死亡。”
根据检测详情、方法、数据和结论等，钟里满等13位专家联合撰写了《清光绪帝死因研究工作报告》。
参考资料来源：中国社会科学院-《清光绪帝死因研究工作报告》正式发表
参考资料来源：人民网-弑君之人：是谁杀了中国历史上的60位皇帝？
雍正被吕四娘砍了头死的雍正时期一个叫吕留良的人在文字狱中遭到了严厉的惩处。但是传说他的女儿，一说是孙女，吕四娘漏网了，她拜师学艺，武艺高强。后来想法乔装打扮混到了皇宫里面，寻找机会，把雍正的头砍下来，替她父亲/爷爷报了仇。这个传说很生动，雍正没有头怎么发丧，传说做一个金头给搁上，这样就埋在了雍正的泰陵。很多专家研究之后，认为雍正是被吕四娘杀了，这种可能性不大，因为当时在这满门抄斩的时候是非常严格的，吕留良的女儿不可能逃跑，退一步说，即使是跑了，也不可能混到皇宫，即使混到皇宫，也没有机会把雍正给杀了。所以这只是一个野史小说在这儿编造的一个很生动、很有趣的故事。
光绪帝是被慈禧太后 害死的 。
由国家清史编纂委员会主任戴逸教授等13位专家联合撰写的《清光绪帝死因研究工作报告》称，根据相关研究，常人口服砒霜60至200毫克就会中毒身亡。光绪帝摄入体内的砒霜总量明显大于致死量。其胃腹部衣物上的砷是其含毒尸体腐败后直接侵蚀遗留所致，而其衣领部位及头发上的大量砷，则由其腐败尸体溢流侵蚀所致。
第一种说法
雍正被吕四娘砍了头死的雍正时期一个叫吕留良的人在文字狱中遭到了严厉的惩处。但是传说他的女儿，一说是孙女，吕四娘漏网了，她拜师学艺，武艺高强。后来想法乔装打扮混到了皇宫里面，寻找机会，把雍正的头砍下来，替她父亲/爷爷报了仇。这个传说很生动，雍正没有头怎么发丧，传说做一个金头给搁上，这样就埋在了雍正的泰陵。很多专家研究之后，认为雍正是被吕四娘杀了，这种可能性不大，因为当时在这满门抄斩的时候是非常严格的，吕留良的女儿不可能逃跑，退一步说，即使是跑了，也不可能混到皇宫，即使混到皇宫，也没有机会把雍正给杀了。所以这只是一个野史小说在这儿编造的一个很生动、很有趣的故事。
第二种说法
《红楼梦》的作者曹雪芹有一个恋人，这恋人叫竺香玉，长得很漂亮，能歌善舞，被雍正看上了，雍正把她收到宫里来。他夺了曹雪芹的所爱，于是曹雪芹就通过秘密的办法和竺香玉进行联系，竺香玉虽然身在皇宫，心还想着曹雪芹，于是见了一个机会，就谋杀雍正。这个也是野史小说之言，没有任何历史根据，不可相信。
第三种说法
有的学者考证雍正是得了中风死的。很多的学者同意这种看法，但是也没有确凿的证据说他就是死于中风，也是算一说吧第四种死法
就是中了丹毒死的。雍正他中期得了一场大病之后，他亲自写了手谕，让各个地方大员推荐名医和术士到这个皇宫给他治病，帮助他保健。雍正他是想长生不老，各地就推荐。后来有两个大的道士，一个叫张太虚，另一个叫王定乾，这两个大的道士，他们到了宫里之后，就帮助雍正炼了丹药，交给他们道术。雍正是真的相信道教，在乾清宫，在太和殿，在其他的地方，有的地方设坛，供奉道神的符板。后来雍正长期在圆明园，他派人往圆明园送炼丹的药，数量很大，他死之前12天送的黑铅200斤。雍正曾经在五年之间，根据第一历史档案馆的叫做《活计档》的记载，送炼丹所需的物品157次，他不但自己吃炼丹的丹药，他宠信那些大臣，还派人送给他们吃，雍正长期吃炼丹的丹药，可能汞，铅，硒一些重的金属中毒，应当说雍正的死和铅中毒和丹中毒有一些的关系，但不一定是与其完全有关。有人统计，就是我们历史上的皇帝炼吃丹药死的有14位之多。
现在雍正的死根据宫廷的档案来说，那就是官方的记载，可能是正常的病死，也可能就是吃丹药中毒而死。（后宫甄嬛传里面的雍正就是吃丹药中毒加气死的）体内砒霜量大于致死量
光绪帝是被慈禧太后 害死的
由国家清史编纂委员会主任戴逸教授等13位专家联合撰写的《清光绪帝死因研究工作报告》称，根据相关研究，常人口服砒霜60至200毫克就会中毒身亡。光绪帝摄入体内的砒霜总量明显大于致死量。其胃腹部衣物上的砷是其含毒尸体腐败后直接侵蚀遗留所致，而其衣领部位及头发上的大量砷，则由其腐败尸体溢流侵蚀所致。
中央电视台主任编辑钟里满则以光绪帝临终前参与诊治的医生亲笔回忆录及搜集到的军机大臣的日记等为依据，进一步确定了光绪帝属急性胃肠性砒霜中毒而亡这一结论。本回答被网友采纳
光绪之死，是在四年前发现的，当时光绪都已经死了一百年了，会做这研究的原因是，有太多人说光绪是被毒死的，在没发现他被毒死前，这些说法都是不被认定的，一般正式说法都是光绪体弱多病，官方也是说光绪是病死的，直到四年前，终於证实光绪是被毒死的，研究指出，光绪的身上检验出大量砒霜。
目前有证明仅一个推翻清朝官方说法的就是光绪之死了，所以楼主要的答案只有光绪一个而已。
其他皇帝的死因，官方记载都是病死，但也有传说死因，目前接不被证实其真实性。
但是，话说也好笑，清朝各个皇帝的死因，皆有一个传说，从第一代开始说起，努尔哈赤是被袁崇焕的大炮打到而死，而皇太极是被多尔衮害死，顺治没有，但大家都说他出家，康熙是被雍正毒死，雍正是被吕四娘杀死，乾隆则没有，谁叫他活的那麼长寿，嘉庆则是被雷击而死，道光帝比较没有人流传，因为他也算长寿，可是还是有些人故意说他是吸鸦片死的，咸丰则流传为纵欲而死，同治则是得梅毒，光绪已经证实是被毒死，宣统是病死。