长沙市纪委机关和市监察局内部设有十八个职能机构，包括办公厅、监察综合室、调研法规室、监督检查室、党风廉政建设室等多个部门，每个部门各有其特定职责。
办公厅负责机关全面工作的了解和会议事务，起草综合性文件、负责文件管理、保密、行政和财务等工作，以及对督查工作的协调。
监察综合室主要负责行政监察工作的日常管理，承办会务，监督局长会议决定的执行，研究监察工作，处理人大代表建议和政协委员提案，管理特邀监察员工作，及监察学会的事务。
调研法规室负责政策、理论问题的研究，起草、解释纪检监察工作政策，监督法规执行，并参与法规制定工作。
监督检查室主要负责党风廉政建设和反腐败工作，组织检查活动，指导党风廉政制度建设，以及对市直派驻机构进行监督和述职评议。
党风廉政建设室负责领导干部廉洁自律工作，监督党委（党组）生活会，处理党政干部任免等工作，实施党风廉政建设责任制考核。
其他部门如执法监察室负责执法监督，财务监察室负责财政法规监督，纪检监察室则负责联系各方并处理违纪案件。案件审理室负责案件审理和申诉工作，信访室负责处理群众来信来访，宣传教育室负责党纪教育和宣传，纠正行业不正之风室负责纠风工作，行政效能监察室负责行政效能监督，干部室负责纪检监察干部的管理工作，机关党委负责党的建设和群团组织工作，培训中心则负责干部培训和机关内部的党群服务。