在PCR和原位PCR的反应体系中，两者的基本构成相似，主要包括Taq聚合酶缓冲液、Mg2＋、K＋、4×dNTP（四种脱氧核苷三磷酸）、特异性引物和Taq聚合酶。然而，由于组织细胞间质对Mg2＋有吸附作用，原位PCR的反应体系在Mg2＋浓度上有所调整。通常，原位PCR中使用的Mg2＋浓度会比常规PCR高出，大约在4.5-5.5mM，这样的浓度确保了反应过程中的Mg2＋供应充足。
原位PCR的独特性在于其基因扩增发生在目标DNA的原位，这就要求反应成分能够有效地渗透到靶DNA的位置。因此，与常规PCR相比，原位PCR的循环次数通常需要增加，推荐设置为35个循环，以确保反应的充分进行并达到所需的扩增效果。
总的来说，虽然两者的基本反应成分相同，但在实际应用中，原位PCR需要针对组织特性进行适当的参数优化，以保证反应的有效性和准确性。这包括调整Mg2＋浓度和增加循环次数等策略。
原位PCR是Hasse等于1990年建立的技术，就是在组织细胞里进行PCR反应，它结合了具有细胞定位能力的原位杂交和高度特异敏感的PCR技术的优点，是细胞学科研与临床诊断领域里的一项有较大潜力的新技术。原位PCR既能分辩鉴定带有靶序列的细胞，又能标出靶序列在细胞内的位置，于分子和细胞水平上研究疾病的发病机理和临床过程及病理的转归有重大的实用价值。