旷工三天自动离职公司有权利扣劳动者工资的。
旷工三天以上，就算是自动离职，公司有权利扣除劳动者旷工的工资，基本上是旷一扣三，但只能扣除劳动者旷工的这几天的工资，如果劳动者工作时间是一个月，剩下的工资也会结算给劳动者的，如果公司拒不支付劳动者额外的劳动报酬，是可以向当地劳动部门进行投诉举报的。
旷工两三天虽属违反劳动纪律，还不能算严重违反厂里的规章制度，何况单位还要有这方面的规章制度，就算有按照谁主张谁举证的法律原则，用人单位还必须拿出足够的证据，一是要举证说明劳动者旷工的事实成立，二是要证明劳动者的旷工天数属于严重违反用人单位的规章制度，三是要拿出用人单位有关的规章制度证明制度规定在先，四是要举证说明这项规章制度已告知与你。四项证据缺一不可，否则就属于违法解除劳动关系。
法律对待企业劳动规章制度的原则有三：一是订立程序合法，二是内容不违反法律的强制性规定，三是已经向劳动者公示，只要符合这三项条件，企业的劳动规章制度就具有法律效力，企业与劳动者都应当严格遵守。
《中华人民共和国劳动法》第二十五条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害的；
（四）被依法追究刑事责任的。
第三十二条 有下列情形之一的，劳动者可以随时通知用人单位解除劳动合同：
（一）在试用期内的；
（二）用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动的；
（三）用人单位未按照劳动合同约定支付劳动报酬或者提供劳动条件的。
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