功能性腹泻较其他功能性肠病相对较难识别，病史与体格检查对诊断很重要。在作出功能性腹泻诊断之前，首先要排除肠道器质性疾病。功能性腹泻患者常表现为不伴有腹痛或腹部不适的少量多次的排便，但需要与“假性腹泻”相鉴别，“假性腹泻”表现为排便次数多、伴排便急迫感，但每次都排成形便。
体格检查将能发现贫血与营养不良。年轻患者触有腹部包块者提示克罗恩病的可能性，老年患者触有腹块则不能排除肿瘤的诊断。直肠指检、结肠镜及活检检查可以帮助排除结肠腺瘤、炎症性肠病(IBD)及各种非特异性结肠炎等。如果血液学检查或粪便检查有异常发现，则需要进一步做相关检查。
对功能性腹泻的预后目前尚缺乏很好的研究，通常认为功能性腹泻是自限性过程。一项在17例患者中进行的研究显示，慢性功能性腹泻可在7 ~ 31个月内得到缓解。
对功能性腹泻患者应实施个体化的治疗方案，对由于应激事件引起的腹泻患者，对其进行详细的病情解释，可缓解患者的焦虑情绪。
详细询问患者的饮食习惯，面食、乳制品、柑橘类水果、蛋类、洋葱、咖啡因及酒精等均可能引发功能性腹泻患者症状。因此，限制这些食物将有助于缓解患者的腹泻症状。
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