其实“明十三陵”这一叫法是根据修建于北京天寿山这一区域的明代皇陵数量进行命名的，顾名思义就是该区域共建有十三座明朝帝陵。明朝自1368年建国，后于1644年灭亡，前后共存在276年。在这两百多年时间里，明朝一共诞生了十六位皇帝。不过这十六位皇帝并没有全部葬于北京天寿山，故而就只有“明十三陵”，而非“明十六陵”。明朝十六帝中未葬于明十三陵的皇帝分别是朱元璋、朱允炆以及朱祁钰。
朱元璋：葬于南京明孝陵
身为明朝开国皇帝的朱元璋之所以没有葬入位于北京的明十三陵，是因为他去世之时明朝的帝都还是南京。明朝帝都发生变更这一事件发生于永乐帝在位期间，具体迁都时间为1421年，这时距离朱元璋逝世已经过去二十余年。由于朱元璋在位时帝都尚且是南京，所以他的皇陵自然也就就近修建在了南京。朱元璋的陵墓名为“明孝陵”，始建于1381年，具体位于南京紫金山南麓。
朱允炆：下落不明，未建有陵墓
朱元璋生前指定孙子朱允炆来继承皇位，但是朱允炆登基没多久，明朝内部便爆发了兵变。这一兵变便就是“靖难之役”，发动者为燕王朱棣。朱棣也是这场兵变的获胜方，而作为失败方的朱允炆则自此行踪成谜。朱棣在攻进皇宫之时朱允炆已经葬身于火海，但是由于尸体被烧得难辨面容，所以朱棣对他的死一直心存怀疑。基于这一点，有关于朱允炆并未葬身火海而是顺利逃离了京城的说法也是一直存在。由于朱允炆的最终下落成谜，所以他并未建有陵墓。
朱祁钰：仅以“王”的身份入葬
明英宗在位期间，明朝因一场“土木堡之变”而失去了皇帝。在英宗落入敌军瓦剌手中之后，明朝为了不受瓦剌牵制与威胁，遂决定另立新帝。这位新帝便就是朱祁钰。在朱祁钰在位一年多之后英宗被瓦剌放回，但是他刚一回明朝便被软禁了起来。软禁英宗的人自然是朱祁钰，目的是为了确保自己的皇位不受动摇。介于这一事情，英宗与朱祁钰这对兄弟算是彻底反目。也正是因为这样，英宗在顺利复辟之后对朱祁钰展开了一系列报复，其中之一就是不承认朱祁钰的皇帝身份。为此，朱祁钰逝世之后只能以“王”的身份入葬，其陵墓自然也就不属于明十三陵。