因为蘑菇子实体在冷冻过程中失水过多所致，一旦解冻后，子实体在水中就会再次吸收充足的水分，并且恢复子实体的原样，子实体冷冻发黄后，不意味着子实体已经变质了，而是一种物理变化，所以，可以放心食用的。
保存鲜蘑菇的方法很多，最常用的有以下几种：
1、清水浸泡：将鲜蘑菇洗净，放入容器中，倒入清水淹没蘑菇，如蘑菇上浮可压个重物。此法宜于短期存放，要注意不要采用铁质容器，以免鲜蘑菇变黑。
2、盐水浸泡：将鲜蘑菇根部的杂物除净，放入1%的盐水中浸泡10-15分钟，捞出后沥干水分，装入塑料袋中，可保鲜3-5天。如数量较多，可将鲜蘑晾晒一下，然后装入非铁质容器中，一层鲜蘑菇洒一层盐，此法可存放一年以上。
蘑菇之所以清洗起来比较困难，主要是因为其外表粗糙，而且皮很薄，一洗就破。
因此，很多人为了图省事，简单地用水冲冲就吃。其实，蘑菇属于草本植物，植株比较低矮，果实细嫩多汁，这些都导致它容易受病虫害和微生物的侵袭。因此，种植蘑菇的过程中，要经常使用农药。这些农药、肥料以及病菌等，很容易附着在蘑菇粗糙的表面上，如果清洗不干净，很可能引发腹泻，甚至农药中毒。要把蘑菇洗干净，最好用自来水不断冲洗，流动的水可避免农药渗入果实中。洗干净的蘑菇也不要马上吃，最好再用残洁清浸泡5分钟。残洁清可以杀灭蘑菇表面残留的有害微生物；残洁清水呈碱性，可促进呈酸性的农药降解。洗蘑菇时，千万注意不要把蘑菇蒂摘掉，去蒂的蘑菇若放在水中浸泡，残留的农药会随水进入果实内部，造成更严重的污染。另外，也不要用洗涤灵等清洁剂浸泡蘑菇，这些物质很难清洗干净，容易残留在果实中，造成二次污染。
磨菇贮藏的适宜条件为0℃和95%的相对湿度，蘑菇的失水与黑柄和开伞有关，用薄膜包装或保持相对湿度高于95%可减少失水。气调贮藏可抑制蘑菇褐变，控制在2--4%的氧和5--10%的二氧化碳有利于保持蘑菇的白色和延长贮藏寿命。采用盐水、柠檬酸、抗坏血酸、二氧化硫或蒸汽热处理均能钝化多酚氧化酶活性，防止酶促褐变;贮运中应避免用金属容器装菇，以防产生非酶促褐变。
