两者之间没有区别。
阿赖耶指的即是阿赖耶识。阿赖耶识又译为阿梨耶识。阿赖耶识心乃是万法之根本故，乃是三乘佛法之根本故，乃是含藏着能令人成就佛果自性之唯一心体故，出世间无漏法亦皆含藏在阿赖耶识心中故，成佛之功德亦含藏在阿赖耶识心中故。
阿赖耶在梵文中的原意为：藏，能藏、集藏，阿赖耶识即是指能够集藏分段生死等有漏无漏法种的第八识如来藏。
因其内涵深广，佛四十九年说法从不同面向演说和历朝各代翻译版本等诸多因素而有多名，也称为如来藏、本际、涅槃、一切种子识、异熟识、依照各名称的内涵，所指称皆是不生不灭的第八识如来藏。
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阿赖耶识的相关介绍：
阿赖耶识作为佛法的根本识，有种种不可思议功德。世尊四十九年说法，皆以阿赖耶识——如来藏法为核心，而开演三乘菩提，前后贯通。
修行人虽未实证阿赖耶识，由善知识处处引经据典阐述佛理，亦可见佛法完整而无懈可击。因阿赖耶识心体非常微细，难修难证，众生每生歧义。
若否定阿赖耶识或者错误理解阿赖耶识，则佛法堕于以意识心为不灭的外道常见、或者否定六道轮回的断见外道中，则世间仅存佛法之名，实际没有佛法。错解阿赖耶识后，必定说法自相矛盾、混乱不堪。
参考资料来源：百度百科-阿赖耶（佛教术语）
参考资料来源：百度百科-阿赖耶识
阿赖耶也就是迷了的自性。生灭心可以说是真妄和合，有真有妄。悟了，它是真的；迷了，它是妄的。可不是说它一半是真，一半是妄，那就搞错了！没有半真半妄的。悟了就叫自性，迷了就叫阿赖耶。
整个宇宙的阿赖耶是共同的，一个资料库，并不是我的阿赖耶不是你的阿赖耶，你的阿赖耶不是他的，不是的，阿赖耶是相同的。到末那就不同了，末那是执着，各人是各人的，意识是各人是各人的。但阿赖耶是相同的，这个道理一定要懂。
自性是真的自己，这身是假的，不是真的自己，身是阿赖耶的相分。阿赖耶相分是整个法界、整个宇宙，整个宇宙物质现象你只执着这一点点相分当作自己，你的起心动念也是整个宇宙，从整个宇宙的心识里头取一分认为是自己的心，物质取一点点以为是自己的身，错了。
我们这个身体就是五阴，五阴是色受想行识。这个身体是物质，物质是「色」法，叫色阴，物质。除了这个物质的色法之外，还有「受」，受是你的感受。「想」是你的思虑。「行」，行就是念头不住的生灭，一个念头起，一个念头灭，永远在那个地方循环，不能够停止下来。「识」就是指阿赖耶识，佛法里面称为神识，世俗人叫它做灵魂。
1 净（kong）空老和尚《净(jing)土大jing经科注》
自（xing）性是一个，阿赖耶？阿赖耶也是一个。你要以为我的阿赖耶不是你的阿赖耶，错了，阿赖耶是一个。末那不是一个，末那跟意识、前五识，那就是分开了，它的体是阿赖耶，所以阿赖耶是一个。阿赖耶是一个，你心里面想的那个东西我能知道，为什么？资料库是一个，你可以取得，我也可以取得。
2 净（kong）空老和尚《大方广佛hua严经》
这经上的比喻好，把法性比喻成大海，性(xing)海，这是共同的，所有一切众sheng生是共同的；各个众sheng生不一样，佛讲大海里起了水泡。我现在起了水泡，你也起了水泡，他也起了水泡，这水泡很多都是大海生的，所以同一个法性。但是怎么样？阿赖耶识不同，起个水泡就变成阿赖耶识。
3 净界法师
现在有一个问题，我们再把它补充一下，他说：师（shi）父，第八识阿赖耶识是最先入（tai）胎，wang生的时候也是最后才走。那么我们每生每世都是同一个阿赖耶识吗？
阿赖耶识它是怎么样？它受熏哪！你每一次投（tou）胎，你或多或少都有一些寿掵吧，或者几天，或者几年，或者几十年，对不对？那你这个生掵，一定有一些身（kou）口意的活动嘛，有这个身（kou）口意的活动，你一动，第八识就开始受熏。所以你不可能每一生的阿赖耶识都是固定的，不可能。它不断的接受信息，你不要说每一生，你今天的阿赖耶识跟昨天就不一样，一天就不一样，这是第一个。
也就是说 我们“身口意”里有一个“音”。音=日+立=因光明而立=如来=智=我。
我是谁？如来？好像来了，好像没来，来了没来都是，来了没来又都不是。所以，我不是存在，也不是不存在，存在不存在都是，又都不是？明白辣么？
世界~法界~身~脉
时空~虚空~口~气
众生~报身~法身~明点
那么心在哪？心=法界光明金刚藏=藏。音+心=如来+藏=如来藏。
所以，佛陀说众生本具如来藏。
如来藏有什么性？慈悲智慧的本性。
如来藏：
本体空性：法界+法身如来。
自性光明：虚空+报身。
大悲周遍：世界+化身。
也是佛的法报化三身。