一些微生物的代谢产物可以作为天然的微生物杀虫剂广泛应用于农业生产。还有一些在分类学、生理学和经济价值上非常重要的农业微生物。
1.通过对枯草芽孢杆菌的基因组研究，发现了一系列与抗生素及重要工业用酶的产生相关的基因。
2.乳酸杆菌作为一种重要的微生态调节剂参与食品发酵过程，对其进行的基因组学研究将有利于找到关键的功能基因，然后对菌株加以改造，使其更适于工业化的生产过程。
3.胡萝卜欧文氏菌、植物致病性假单胞菌以及中国正在开展的黄单胞菌的研究等正在进行之中。日前植物固氮根瘤菌的全序列也刚刚测定完成。借鉴已经较为成熟的从人类病原微生物的基因组学信息筛选治疗性药物的方案，可以尝试性地应用到植物病原体上。
4.特别像柑橘的致病菌这种需要昆虫媒介才能完成生活周期的种类，除了杀虫剂能阻断其生活周期以外，只能通过遗传学研究找到毒力相关因子，寻找抗性靶位以发展更有效的控制对策。固氮菌全部遗传信息的解析对于开发利用其固氮关键基因提高农作物的产量和质量也具有重要的意义。
扩展资料
农业微生物基因组研究认清致病机制发展控制病害的新对策。据资料统计，全球每年因病害导致的农作物减产可高达20%，其中植物的细菌性病害最为严重。
除了培植在遗传上对病害有抗性的品种以及加强园艺管理外，似乎没有更好的病害防治策略。因此积极开展某些植物致病微生物的基因组研究，认清其致病机制并由此发展控制病害的新对策显得十分紧迫。
微生物能够分解纤维素等物质，并促进资源的再生利用。对这些微生物开展的基因组研究，在深入了解特殊代谢过程的遗传背景的前提下，有选择性的加以利用。
例如找到不同污染物降解的关键基因，将其在某一菌株中组合，构建高效能的基因工程菌株，一菌多用，可同时降解不同的环境污染物质，极大发挥其改善环境、排除污染的潜力。
参考资料来源：百度百科-微生物
为探索适合我国国情的“三色生态”产品，北京新纪元三色生态科技有限公司自主研发了，具有独立知识产权的三色生态菌等多种有益微生物菌剂。其产品广泛应用于种植业、养殖业、水产业、水质净化和土壤改良等诸多领域。原理是通过向土壤补充有益微生物菌，通过其分解还原作用，解决土壤中存在的严重板结、化肥超标、渗水透气性下降等一系列问题，抑制土传病害，增强土壤的活性，促进作物根部吸收养分，提高作物的免疫力、抗病能力，少用农药甚至不用农药，减少化肥使用量，从根本上提高食品的品质和等级，达到有机标准。
据北京新纪元三色生态科技有限公司董事长王立平介绍，三色生态菌2005年开始在全国部分地区进行示范试验，得到有关部门的大力支持，一些省市不仅将这一生物技术的应用纳入政府工作的议事日程，还将三色生态菌的示范工作进行一一落实，并得到有关协会和农民们的积极响应和支持，在种植、养殖、水产、土壤改良、水质净化等方面获得了宝贵的第一手资料，取得了可喜的效果，为农业可持续发展打下了良好的基础，为实现“发展‘白色农业’，向微生物要粮”的宏伟愿望迈出了第一步。
来自大连市农业微生态研究所的袁杰力教授在研讨会上做了《发展微生态农业是人类健康发展的前提》的报告，从理论上系统地阐述了农业环境与人类健康的密切关系，他认为，利用微生物产品补充和修复地球业已被破坏的生物圈是一项摆在面前的紧迫任务，有着重大而长远的历史和现实意义。
河南省平顶山市农业局局长李庆豪在研讨会上，就“农业发展的方向何在？农业的出路何在？”提出了思考，并就“白色农业”的概念及内涵、微生物技术的发展历程和有益微生物菌剂进行了深入的探讨。他认为：在农业中使用有益微生物菌剂，能够解决目前新农村建设中的农业产量问题、农产品质量问题、农民增收问题和农业可持续发展问题。据他介绍，2007年平顶山市将大力开展微生物技术在农业上的应用与推广；同时，在土壤改良、水产养殖等方面利用微生物技术正式进行科研立项；在粮食、蔬菜、果树、烟草种植，以及畜禽、水产养殖等各方面布置了观察对比示范。
“中国冬枣之乡”的山东省沾化县副县长张文和介绍，“三色生态菌”已使沾化冬枣的含糖量上升了4个百分点，为每亩枣树增收近2000元；使棉花每亩增产近60公斤，枯、黄萎病防治达到90%以上，棉花品质提升一个等级。本回答被网友采纳
1、分解土壤有机质，促进腐殖质形成，同时进行氮、磷、硫等养分的循环和转化；
2、促进土壤的形成，改善土壤的理化性质,增强土壤酶活性，培肥土壤；
3、促进植物生长；
4、土壤呼吸的重要来源；
5、污染环境修复，吸附和转化有机污染物和重金属。土壤微生物量是土壤重要的肥力指标和健康指标，研究利用土壤微生物可用于各种退化土壤生态系统的修复与重建以及发展持续农业。