清朝末期，一些日本人对于
清政府的对立者是持支持态度的。譬如
辛亥革命之前，流亡到日本的康有为、
梁启超维新派与
孙中山等革命派，日本朝野不仅为之提供了住宿、活动的便利，甚至给予经费支持，日本人宫崎滔天（宫崎寅藏）和平山周还试图促使维新派和革命党联合起来对当时的中国发挥“巨大威力”。
1904年黄兴领导长沙起义失败后，亡命日本，“他的真实身份被发现了，宫崎寅藏和同情中国革命的其他日本人士，迫不及待地来访问他，他们很快成为至交”（《黄兴与中国革命》）。由此可见，某些日本人是欢迎被清朝驱逐打击的“亡命者”的，并且，孙中山同黄兴的“革命组合”也是由宫崎寅藏介绍促成。
再者，以推翻清朝统治为目标以及在其中发挥了主要作用的同盟会，是孙中山在第九次流亡日本的过程中组建而成的，得到了日本人相当程度的帮助。1905年8月20日，同盟会正式成立的会议是在东京赤坂区灵南坂阪本金弥子爵的官邸召开的。而此前的筹备会也是在东京一个特殊的日本人家里召开的，主人是近代史上日本著名的军国主义组织——黑龙会的创建者和领袖内田良平，参加者中还有日本人宫崎寅藏和末永节。这些日本人是流亡日本的革命党活动圈子中的老面孔。
很多当时有权势的日本政要也悄悄支持孙中山，譬如犬养毅（日本第29任首相）、尾崎行雄（第2次大隈内阁司法大臣）、副岛种臣（前枢密院副议长）、大隈重信（日本第8任和第17任
内阁总理大臣）等日本政坛权势人物都曾接见孙中山、表示过支持孙中山的事业，实际上确实也为革命党提供了庇护和支持。
此外，在
武昌起义的准备与酝酿阶段，很多从日本归来的华侨发挥了重要作用，如
孙武、黄兴，还有一些从日本回国的华侨在
武昌首义中壮烈牺牲，如刘复基、赵启瑞、萧钟英等。武昌起义后，各省起义和独立运动中，新军中的留日学生发挥了关键作用。因为清朝后期的留日学生进入军界的颇多，而且多数已担任新军中的中高级官佐，掌握了很大的军事指挥权，如吴禄贞、蒋尊簋、蔡锷、许崇智、陈英士等，在盘根错节的关系网影响之下，新军中有留日背景的军官，同情、支持革命党的极其多，这对辛亥革命的迅速发起、获得成果，应该不无裨益。
毋庸讳言，在中国辛亥革命中，某些日本人是产生过直接或者间接影响的。