最常用的土壤消毒方法大致有以下几种：
1、药剂消毒法。简单的操作步骤是：
（1）清洁棚室。在上茬结束后，将所有植株残体清出温室大棚，深埋或焚烧。
（2）深翻土壤。在土壤墒情适合时深翻，深度约30厘米以上，并将大土块拍打细碎。 （3）用药。可用的药剂很多。如可用50%的多菌灵可湿性粉剂，每平方米土壤施1.5克，可防止根腐病、茎腐病、叶枯病和灰斑病等病害；也可用浓度为2%左右的酒精（用水调和）喷洒在土壤上，然后用塑料薄膜覆盖1-2个星期（较新的方法）；或是每平方米土壤用等量式
波尔多液2.5千克喷洒，对黑斑病、斑点病、灰霉病、
褐斑病和炭疽病等效果明显。
也可以采用熏蒸的方法对温室大棚进行药剂消毒，常用的熏蒸剂有：棉隆、
溴甲烷（2015年要淘汰）、氯化苦等药剂。熏蒸法是用土壤
注射器或土壤消毒机将熏蒸剂注入土壤中，并及时在土壤表面覆盖薄膜等物，以便熏蒸剂的有毒气体在土壤中扩散，从而达到杀死病菌的目的。
药剂消毒法虽然使用普遍，但长期使用，会破坏土壤结构，造成环境污染，地力下降，因此应该谨慎对待，最好结合其他措施进行土壤消毒。
2、太阳能消毒法。太阳能消毒法是最廉价也最环保的方法。此法是利用夏季（7-8月间）的高温，借助太阳能杀死病虫害。消毒时，先消除前茬病株残体并彻底清洁温室，再对土壤进行深翻（先施些有机肥），随后灌大水，然后用
聚乙烯塑料薄膜全面覆盖温室土壤，再在太阳下密闭暴晒15-25天，使10厘米土壤内土温高达50-60℃以上，可有效预防枯萎病、青枯病、软腐病等上传病害，同时高温也能杀死线虫及其他虫卵。但该方法的缺陷是：消毒的有效土层仅为地表下10-15厘米，对根系较浅的作物防病效果较差。
3、热水消毒法。此法是利用锅炉等设备把水加热至75℃以上，然后将热水浇灌到土壤中，使土温升高来进行消毒。消毒前应该多施些有机肥，后深翻土壤，并把土壤整平，接着在地面上铺设滴灌管，用质量较好的塑料薄膜封严地面，之后通入热水。给水量因土质、外界温度、栽培作物的种类不同而不同。一般地，消毒范围在地下0-20厘米时，1平方米土壤灌热水100千克；消毒范围在0-30厘米时，1平方米土壤灌热水200千克。此法对防治土传病害、线虫和杂草效果显著，效果达95以上。同时这种方法还有不受季节影响、可随时进行的好处。
除了以上最常用的这三种土壤消毒方法之外还有蒸气消毒法。蒸汽消毒法是通过蒸气锅或专用消毒槽产生高温蒸气以杀死土壤中的真菌、细菌、昆虫、线虫和杂草。这种消毒方法要求设备比较复杂，只适合经济价值较高的作物在苗床上小面积使用。
进行土壤消毒前，操作人员必须先掌握使用方法，同时注意安全。另外，需要强调的是：土壤消毒基本上是一种病后防治的手段，棚室拥有人员应该注意‘防’与‘治’并举，即平时多注意施有机肥，注意换茬，不宜连年种植同种作物。