985医科大学有3所：北京协和医学院、上海交通大学医学院、复旦大学上海医学院
北京协和医学院（Peking Union Medical College）是中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会直属的唯一一所重点医科大学，与中国医学科学院院校一体，是中国国家级医学科学学术中心和综合性科学研究机构。“卓越医生教育培养计划”试点高校。北京协和医学院由美国洛克菲勒基金会于1917年捐资创办，1919年10月开办八年制医学本科，是我国最早设有八年制临床医学专业和护理本科教育的医学院校，被誉为中国医学殿堂。
学校历经“私立北平协和医学院”、“中国协和医学院”、“中国首都医科大学”、“中国协和医科大学”等多个历史阶段，于2007年5月18日正式复名为北京协和医学院。
为探求中国高等医学教育改革的创新模式，北京协和医学院与清华大学于2006年9月起开展合作办学，可同时使用“北京协和医学院——清华大学医学部”作为第二名称，并依托清华大学，部分进入“211”和“985”工程建设行列。
上海交通大学医学院（Shanghai Jiao Tong University School of Medicine）由中华人民共和国教育部、中华人民共和国卫生部和上海市人民政府共建，位列“211工程”、“985工程”，入选中国首批“卓越医生教育培养计划”，是国家级临床技能实验示范中心学科组长单位。
上海交通大学医学院前身是由圣约翰大学医学院、震旦大学医学院、同德医学院于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院；1985年，更名为上海第二医科大学。1997年，学校通过了“211工程”立项。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了由教育部、上海市人民政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。
截至2013年12月底，学院拥有重庆南路、闵行、南汇三个校区，下设23个学院（系）、14所附属医院、1所卫生学校，开办10个本科专业（方向）；有教职医务员工22707名，专任教师634名；有在校学生6828名，其中本科及长学制学生2723名，研究生3842名，留学生263名。
复旦大学上海医学院始建于1927年，原为国立中央大学医学院，是中国创办的第一所国立大学医学院。1932年，国立中央大学医学院独立为国立上海医学院，为当时中国唯一的国立医学院。1939年，抗战爆发后，学院内迁至云南昆明；1940年辗转迁至四川重庆。抗战胜利，学院迁回上海，于1952年更名为上海第一医学院。1985年，上海第一医学院定名为上海医科大学。
学院于1959年被定为全国16所重点高等学府之一，并于1997年入选首批211工程。2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建成为新的复旦大学。2011年，新的上海医学院成立，作为复旦大学党政的派出机构，根据学校的授权，在大医口的人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面，行使相对独立的管理权限。
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