1966年在《科学通报》上发表《水稻的雄性不孕性研究》，提出“三系法”利用水稻杂种优势的设想。得到国家科委的重视，到1970年夏培育出C、D系统水稻不育系，但始终没有找到完全保持雄性不育的材料，而无实际使用价值。
1970年冬李必湖等在三亚发现野生稻败育株，简称“野败”（奇迹之一）。
1972年利用“野败”与长江中下游的早籼稻多代回交培育出雄性不育系与雄性不育保持系。长江中下游的早籼品种大多对“野败”具有很好的雄性不育保持特性（奇迹之二）。
1973年用已选育不育系与东南亚的籼稻品种测交筛选出雄性不育恢复系，成功地实现“三系”配套，开始探讨杂交稻制种技术。东南亚的籼稻品种对“野败”具有很好的雄性不育恢复力（奇迹之三）。
1978年按行政区划全面恢复和建立国家、 省、地、市、县级种子公司，作为政府事业单位承担杂交稻种子生产、销售和管理，杂交水稻种子的经营进入一个半计划经济管理阶段，建立了较完善的杂交水稻种子繁育体系，有力地推动了杂交水稻种子生产技术的研究和应用，从而实现了杂交水稻的快速推广。
1986年袁隆平院士发表《杂交水稻的育种战略设想》，提出水稻杂种优势利用的三个发展阶段和三种利用方法：
A.三系法为主的品种间杂种优势利用；
B.两系法为主的亚种间杂种优势利用；
C.一系法或转基因技术的远缘杂种优势利用。
1988年培育出系列水稻光温敏核不育系，有安农S-1、衡农S-1、W6154S等，开始两系法杂交水稻育种和繁殖制种技术研究。
1995年以培矮64S系列组合的种子生产成功标志着两系法杂交水稻技术的基本成功，开始大面积种子生产和两系杂交稻种植。
1996年农业部立项开始杂交水稻超高产育种，选育中国超级稻。
1997年袁院士发表《水稻超高产育种研究》。
2000年先锋组合两优培九达到了超级稻一期700公斤/亩的产量目标。
2004年两优0293达到了超级稻二期800公斤/亩的产量目标（原计划2005年实现）。2010年广占63S-4/1128百亩测产达到872公斤，2011年有望实现百亩连片平均亩产900公斤的目标（原计划2015年实现）。
1997年袁院士发明之后。
杂交水稻
杂交水稻(hybrid rice)指选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种，进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种，用于生产，这就是杂交水稻。杂种优势是生物界普遍现象，利用杂种优势提高农作物产量和品质是现代农业科学的主要成就之一。
杂种优势是生物界的普遍现象，利用杂种优势来提高农作物的产量和品质是现代农业科学的主要成就之一。选用两个在遗传上有一定差异，同时它们的优良性状又能互补的水稻品种，进行杂交，生产具有杂种优势的第一代杂交种，用于生产，这就是杂交水稻。
水稻具有明显的杂种优势现象，主要表现在生长旺盛，根系发达，穗大粒多，抗逆性强等方面，因此，利用水稻的杂种优势以大幅度提高水稻产量一直是育种家梦寐以求的愿望。但是，水稻属自花授粉植物，雌雄蕊着生在同一朵颖花里，由于颖花很小，而且每朵花只结一粒种子，因此很难用人工去雄杂交的方法来生产大量的第一代杂变种子，所以长期以来水稻的杂种优势未能得到应用。
发展
折叠中国
中国发明的杂交水稻，除国内发展迅速外，在国外，已有越南、印度、菲律宾和美国在大面积生产上应用，并取得了显著的增产效果。
折叠越南
越南2004年杂交稻的种植面积近1000万亩，平均亩产420公斤，其全国水稻的平均产量(含杂交稻)为300公斤，杂交稻比常规品种增产40%以上。由于大面积、大幅度增产，越南一跃成为仅次泰国的第二大米出口国。他们所用的杂交稻种子，80%以上从中国进口。
折叠印度
印度2004年的杂交稻面积达840万亩，平均亩产370公斤，其全国水稻的平均亩产仅200公斤，他们所用的品种是自己选育的，但方法和技术全是学中国的，其中包括雄性不育细胞质资源。
折叠菲律宾
菲律宾2004年的杂交稻面积达300万亩，其中三分之二是中心培育的品种，叫西林8号，平均亩产470公斤，而该国灌溉稻的平均亩产为300公斤。阿罗约总统对此给予高度重视，把发展杂交稻作为政府的旗舰项目，计划到2007年推广杂交稻1500万亩，年增稻谷150万吨，达到粮食自给自足。
折叠美国
美国2004年的杂交稻面积为80万亩，平均亩产超过600公斤，比当地良种增产20%以上，他们计划在2008年将杂交稻的面积推广到800万亩左右，占该国水稻总面积的三分之一以上。杂交稻在其它国家，如印尼、孟加拉、巴基斯坦、厄瓜多尔、几内亚等，进行试种、示范都获得很大成功。例如，2002年在印尼苏门答腊成片示范450亩中国的杂交稻，平均亩产600多公斤，而当地良种仅300多公斤;几内亚当地的水稻产量仅100公斤左右，而百亩以上的示范杂交稻为400多公斤。
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